Последние годы жизни – с 68 по 72 год – Фома провел в индийском городе Мадрасе. Здесь же он и погиб. Индуистский брахман решил избавиться от конкурента, популярного проповедника Фомы, нанял воинов, и те закололи апостола копьями. В реликварии при храме в Мадрасе до сих пор хранится копье, которым, по преданию, был убит святой Фома. Правда, по другой версии, брахман зарубил апостола топором для жертвоприношений. Васко да Гама вспоминал, что даже мусульмане, жившие в Мадрасе, считали апостола святым и почитали его могилу. В третьем веке останки святого Фомы были перенесены из Индии в город Эдэссу в Месопотамии. В двенадцатом веке, после нападения сарацин, христиане переправили их оттуда в более безопасное место, на греческий остров Хиос. В 1258 году на Хиос после одного из морских сражений прибыли три итальянские галеры. Моряки вошли в церковь, в которой увидели большой саркофаг. Они спросили: что это? Им ответили, что здесь мощи апостола Фомы. Тогда моряки выкрали реликвию и перевезли