В 1900 году Руднев был переведен на службу на Дальний Восток, его назначили первым заместителем командира порта в Порт-Артуре. Он принял задачу к исполнению, но не был от нее в восторге. Зато в 1901 году он стал капитаном 1 ранга.
В Порт-Артур привезли корабль, который произвели в США. Он назывался «Варягом». Руднева назначили его командиром. Техническими характеристики «Варяга» Руднева совсем не впечатлили, в нем было много недочетов. Спустя два года он научил свой экипаж молниеносно устранять любые неполадки, даже самые критические.
Миссия которую изначально наложили на «Варяг» сама по себе была связана с большими рисками. Царский наместник приказал, чтобы крейсер отправился в порт Чемульпо. Необходимо было «демонстрировать флаг» и охранять русскую миссию. К 1904 года вопрос о возникновении войны между Россией и Японией был очевидным, единственное, было непонятно, кто и когда нападет первым.
Руднев о прекращении отношений между государствами узнал от капитанов других судов, которые также следовали в Чемульпо. Он связался с представителями русской миссии и сообщил о решении эвакуировать дипломатов. Попросил быть готовы к выходу из порта через двое суток.
Медлить было нельзя. Японцы окружали Чемульпо. 8 февраля 1904 года, лодка, которую называли «Корейцем» была направлена в Порт-Артур с донесением, но вынуждена была вернуться, так как экипаж столкнулся с японской эскадрой. Атаки не последовало, так как японцы не имели права нападать на Россию в нейтральных портах, это могло повредить суднам других государств. По этой же причине и экипаж «Варяга» не смог бы нанести ответный удар японцам.
Далее были проведены переговоры с участием капитанов нейтральных кораблей. Адмиралом японской эскадры Сотокити Уриу был выставлен ультиматум о том, что «Варяг» должен покинуть Чемульпо до 12 часов дня 9 февраля 1904 года, иначе, японцы угрожали нападением на российские судна в нейтральном порту.
Всеволодом Рудневым было принято решение идти на прорыв. Он прекрасно понимал, что их шансы на победу не велики: «Варяг» и «Кореец» против двух миноносцев и шести крейсеров.
Когда российские крейсер и канонерская лодка выходили из Чемульпо, на кораблях нейтральных держав играл гимн Российской империи. Это было сделано для поддержки моряков, которые шли на верную смерть. После выхода российских судов из порта, японский адмирал предложил сдаться экипажам и опустить флаг. Это не входило в планы Руднева, в ответ на японское предложение, с российских судов последовали выстрелы. Длительность сражения составила около часа. Бой был неравным.
У японских судов была более высокая скорость хода, маневренность и оснащенность кораблей. «Варягу» были нанесены серьезные повреждения, многие орудия корабля были выведены из строя. Из-за повреждений подводной части, корабль накренился на левый борт, была сильно разрушена корма, возникали пожары. Попавшими в боевую рубку осколками были убиты несколько человек, капитан корабля был контужен.
Этот бой унес жизни одного офицера и более двадцати матросов, около десятка человек скончалось от ран, еще десять получили ранения. Экипаж «Корейца» не пострадал. Японцы отрицали свои потери, хотя в своем рапорте Руднев написал, что с вражеской стороны пострадал, как минимум, один крейсер и один миноносец потоплен.
После возвращения в порт командиру «Варяга» необходимо было принять решение, что же делать с кораблем. Сначала он хотел устранить повреждения и снова вступить в бой, но после починки стало понятно, что повторного боя судно не выдержит. Было принято решение об уничтожении кораблей. «Варяг» был затоплен, а «Корейца» взорвали.
Переговоры с японцами закончились тем что русских моряков не стали считать военнопленными, а они получают право вернуться домой и не участвовать в дальнейших боях. Всеволод Руднев не отдал корабль врагу, но поражение было очевидным. Позже он был назначен капитаном строящегося корабля «Андрей Первозванный», но не дождался его спуска на воду. В 1905 году на флоте начались серьезные возмущения, а Всеволод Федорович отказался в них участвовать и подписывать приказы. В отставку он ушел контр-адмиралом.
В 1907 году он получил награду из Японии. Император Мицухито направил ему орден Восходящего Солнца второй степени. Как истинный дипломат, Руднев принял награду, но ни разу ее не надел.