Суть первой части игры в следующем фрилансер Скетч Тернер оказался в непростом положении: рисуя комикс о Нью-Йорке, захваченном мутантами из космоса, он неожиданно оказался затянут в свое произведение. Виной тому удар молнии, который поменял местами его и Мортуса, главного злодея истории. В реальности Мортус обрел плоть, но потерял все суперспособности, поэтому для борьбы с собственным создателем ему приходится использовать комикс и дорисовывать новые опасности. Тернеру же предстоит понять, как быть в сложившейся ситуации и каким-то образом выбраться обратно, попутно победив злодея и, в идеале, спасши генерала Алиссу Циан, которую он встретил в комиксе.
Главная фишка Comix Zone — метанарратив и регулярный слом четвертой стены: игра проходит на страницах комикса, причем Тернер буквально переходит между панелями. Каждый уровень — один разворот истории. Механически же это классический beat ’em up с небольшим твистом: для успешного прохождения нередко требуется правильно применять предметы, которые можно найти на уровнях.
Однако к сожалению о второй части мало что известно, и неизвестно выйдет ли она вообще.