О строительстве кенасы в Севастополе задумались ещё в 1879 году, но сами работы начались только спустя 7 лет. В 1884 году караимская община, которая тогда насчитывала около полусотни членов, выкупила земельный участок на ул. Большой Морской. Проект разработал и руководил строительством главный архитектор города Александр Вейзен.
Работы по возведению караимского молитвенного дома затянулись и завершились только в 1896 году. Здание строили из крымбальского камня в стиле ренессанс, из-за границы привезли и установили люстры.
На освящение кенасы из Евпатории прибыл Таврический и Одесский караимский гахам Самуил Моисеевич Панпулов (участник обороны Севастополя 1854-1855 гг.). На торжестве также были главнокомандующий Черноморского флота Роберт Вирен, градоначальник Владимир Мореншильдт, городской голова Николай Ергопуло и другие должностные лица.
В советское время постановлением КрымЦИКа от 5 февраля 1931 года караимская религиозная община прекратила свою деятельность, а здание кенасы переоборудовали под клуб для караимов и крымчаков. Во время Второй обороны Севастополя здание было серьёзно разрушено авиабомбой и снарядами. В газетах того времени писали, что от постройки осталось всего 30% - сохранился фундамент и цокольный этаж. В 1952-м горисполком принял решение передать разрушенное здание на улице Большой Морской спортивному обществу «Спартак» для восстановления под спортивный зал. Здание отстроили, но только уже с перепланировкой под спортивные помещения. Сейчас же там находиться школа бокса.
