12 октября 1996 года состоялся первый полёт Ил-96ПУ. Ил-96-300ПУ (Пункт Управления) построен в двух экземплярах. Отличий по лётно-техническим характеристикам от базовой версии у него практически нет, кроме увеличенной дальности за счёт некоторых доработок. На самолёте установлено оборудование, позволяющее вести управление вооружёнными силами в случае ядерного конфликта.
Внешне самолёт также не имеет отличий от базового варианта, за исключением гаргрота. Первый самолёт этой версии был собран для Бориса Ельцина (б/н 96012). Второй, «путинский» Ил-96 (б/н 96016) поднялся в воздух 21 апреля 2003 года. Его испытывал заслуженный лётчик-испытатель России Виктор Галкин.
На борту Ил-96-300ПУ имеются три бара, комната отдыха с двумя кроватями для президентской четы, рабочий кабинет площадью 10 м². Салон отделан гобеленами с инкрустацией из золота и драгоценных камней. Сейчас сделаны ещё два самолёта и переданы в СЛО Россия с б/н 96024, который уже успешно летает, и второй борт это 96025
