Под костёлом Святого Иоанна в Вильнюсе находятся подземелья, занимающие обширную площадь и проходящие под улицей и соседними с костёлом домами. Помещения забиты телами, которые покоятся здесь на протяжении многих столетий.
В 1600 году в Вильнюсе умер состоятельный мещанин и его родственники решили устроить пышные похороны. Покойный был одет в богатую одежду и положен в гроб с цветочными украшениями. На пальцах усопшего красовались дорогие кольца.
Вечером тело покойного было перенесено из помещения в часовню и оставлено там на ночь в катафалке. Драгоценности не были сняты с мертвеца и привлекли внимание нескольких людей, пришедших на похороны. Они решили похитить их, для этого схватили мальчика, служившего в часовне. Под угрозой смерти мальчика заставили отправиться к покойнику и снять с его пальцев кольца и после передать их через окно. Испуганный мальчик не смог ничего поделать, потому отправился в церковь. В ту ночь было темно и безмолвно. Лишь перед некоторыми алтарями мерцали висячие лампы, бросая нечёткие отблески на лица людей, изображенных на картинах, отражаясь на мраморных колоннах, золоченых рамах и подсвечниках. Своды, боковые нефы и утварь церкви утопали в кромешной тьме.
Мальчик, хотя ему уже не раз доводилось ночевать в часовне, в этот раз испытал странный трепет, он испуганно озирался по сторонам, оборачивал голову, когда встречал взгляд с картины или статуи.
Юноша вошёл в часовню, освещенную единственной серебряной лампадой, висевшей перед алтарем. Тишина, царившая в помещении наводила страх.
Дрожа от испуга, юнец взобрался на ступеньки катафалка, снял крышку гроба и взял в руки холодное и окостенелое тело покойника.
Мертвец вдруг зашатался в гробу, отдернул руку, широко раскрыл глаза и, с ужасом вглядываясь в лицо мальчика, схватил его за одежду и закричал во весь голос:
-Братья покойники, спасите меня!
В этот момент вся церковь содрогнулась, раздался страшный удар, затем послышался шум. Могильные камни треснули, саркофаги раскололись, двери, ведущие в церковь с грохотом распахнулись. Мертвецы стали подниматься из гробов и заполнять церковь. Некоторые из них, недавно погребенные, были пугающе бледны с запавшими глазами, иные уже сгнили.
От мертвецов исходило отвратительное зловоние, плоть и кожа висели на них клочьями, их кости скрипели. Толпа усопших состояла из магнатов, сенаторов, князей, рыцарей и богатых горожан, но были также среди них женщины и младенцы.
Воры, притаившиеся за окном, услышав адский шум, тотчас убежали.
Мальчик, в беспамятстве от страха, сумел вырваться из рук мертвеца и, оказавшись у колонны у входа на лестницу, бросился по ней на хоры, захлопнул в них дверь и задвинул за собой засов. Здесь он спрятался на одной из скамей.
Но покойники не отстали от него. Дойдя до запертой двери, на которой был вырезан крест, мёртвые отступили, тогда они стали носить могильные камни, скамейки, гробы и, складывая один на другой, лезть на хоры в церкви. Мальчик, не чувствуя себя в безопасности в своём убежище, взобрался на вершину органа.
С широко раскрытыми от страха глазами, он смотрел на мертвецов, которые поднимались всё выше и выше и уже почти достигли хоров церкви. Затем, в сильнейшем ужасе мальчик воскликнул:
-Иисус, Мария!
И вот, с высоты, на которую они поднялись, покойники стали падать на каменный пол вместе с гробами и могильными камнями. Некоторые из скелетов разлетелись и их черепа покатились под стены. Однако через некоторое время мертвецы вновь оживали, подставляли гробы и вновь взбирались на них.
Каждый раз мальчик усердно молился, призывая имена Иисуса и Марии, и каждый раз мертвые с грохотом падали вниз.
Стало светать, и где-то далеко в городе послышалось кукареканье петуха. Мрак в костёле начал медленно рассеиваться. Трупы, лежащие в беспорядке на полу, больше не поднимались, и мальчик был спасен. Когда же утром церковь открыли, её наполнил невыносимый смрад разложения. Вошедшие увидели сотни тел и костей на полу. Могилы были разрыты, а вход в подземелья был открыт. Все гробы оказались пусты, за исключением нескольких, в которых смирно покоились тела священников-иезуитов.
Мальчика нашли едва живым. Он поведал о случившемся, но к сожалению вскоре заболел энцефалитом и через несколько дней умер.
Церковь была немедленно закрыта, трупы убраны, это заняло две недели, так как их было слишком много. Всех мертвецов вывезли за Рудницкую браму и похоронили за костёлом Святого Стефана.
Сохранились свидетельства произошедшего. Известный иезуит, ксёндз Нарамовский повествует, что на следующий день после событий почти все гробы, за исключением гробов отцов-иезуитов, были найдены пустыми, а кости были обнаружены в церкви, которая была немедленно закрыта, так что в течение двух недель груды мертвых тел были перенесены на кладбище церкви Святого Стефана, сочтя их недостойными быть захороненными в самой церкви. Сохранились оба костёла, позже костёл святого Иоанна был переименован в костёл Святых Иоаннов. Хотя костёлы со времён тех событий неоднократно перестраивались, едва кто помнит их давнее прошлое.