Священномученик Иоанн родился в Симбирской губернии в 1876 г. семье чиновника Михаила Лазарева и его супруги Анны Александровны. Отец святого имел тяжелый характер, супруга ушла от него вместе с тремя детьми. После смерти Анны Александровны близкие решили, что дети должны остаться у деда — церковного педагога Александра Николаевича Порфирьева. Ваня Лазарев начал свое обучение в школе, основанной его дедом, рано научился читать, особенно полюбил христианскую литературу.
В 1897 г. Иван Михайлович успешно окончил Нижегородскую семинарию, женился на дочери священника из села Городец, выпускнице епархиального женского училища Анне Ефимовне и в 1898 г. был рукоположен во священника. В том же году в семье родилась единственная дочь Елизавета.
Отец Иоанн служил на приходах Нижегородской епархии. По его инициативе в деревне Крюково была построена церковно-приходская школа, в которой он был заведующим и учителем. Священномученик преподавал также Закон Божий в Павловском училище для мальчиков, двухклассном земском училище и в частной прогимназии. Как опытный педагог и проповедник, отец Иоанн являлся членом уездного отделения епархиального училищного совета.
С 1913 г. пастырь был настоятелем Нижегородской Успенской церкви на Ильинской горе. В Нижнем Новогроде отец Иоанн преподавал в городском начальном училище. В 1915 г. отец Иоанн овдовел.
В 1928 г. последовал первый арест по обвинению в антисоветской деятельности. По ходатайству прихожан и за недоказанностью обвинения святого освободили. Однако главные беды были впереди. В мае 1932 г. исполком принял постановление о ликвидации Успенской церкви. Решение это было принято с типичной для того времени формулировкой: «по многочисленным просьбам трудящихся Свердловского района», желающих иметь взамен храма детский сад и пионерскую базу. Протоиерей Иоанн и приходской совет решили отстаивать церковь и написали письмо во ВЦИК. Храм ненадолго оставили в покое, однако спустя год он был закрыт. Повторное ходатайство верующих во ВЦИК было отклонено.
Протоиерей Иоанн стал служить в Вознесенской церкви, затем в Иоанно-Предтеченской церкви. Здоровье его было очень слабым, часто совершать богослужения он уже не мог и служил только по воскресным дням и праздникам.
В августе 1937 г. в Нижнем Новгороде начались масовые аресты духовенства по делу митрополита Феофана (Тулякова) . Протоиерей Иоанн Лазарев разделил общую судьбу - он был арестован 6 августа. Во время следствия отцу Иоанну было предъявлено обвинение в том, что он является активным участником «горьковского филиала церковно-фашистской диверсионно-террористической и шпионской организации». На единственном допросе, который состоялся 9 августа 1937 года, отец Иоанн не признал себя виновным.
Не получив признаний, следователь предъявил показания лжесвидетеля, который заявил, что отец Иоанн является «отъявленным врагом советской власти», внушает церковникам ненависть к советской власти, высказывает контрреволюционные клеветнические суждения и говорит о неизбежности близкой войны с Японией. 21 сентября тройка УНКВД по Горьковской области приговорила святого к расстрелу. 4 октября священномученик Иоанн был расстрелян и погребен в безвестной общей могиле на Бугровском кладбище.