В 1944 году, во время Второй Мировой войны, Индиана Джонс и Бэзил Шоу попадают в плен к нацистам при попытке вернуть Копье Лонгина. В то же время Юрген Фёллер сообщает о своем открытии Циферблата Архимеда, способного находить трещины во времени. Джонс сбегает и спасает Шоу, после чего они узнают, что Копье Лонгина является подделкой. В августе 1969 года Джонс разлучается со своей женой Мэрион Рэйвенвуд и отправляется на пенсию. Однако его дочь-крестница Хелена Шоу просит его помощи в поиске второй части Циферблата. Вместе они сталкиваются с преследованиями и пытаются сохранить ценные сокровища от Фоллера и его сообщников. Джонс обращается за помощью к своему другу Саллаху и продолжает свою опасную миссию.
В Танжере Джонс препятствует продаже первой части Циферблата на аукционе, спасая его от Фоллера и его людей. В ходе погони, Джонс, Хелена и Тедди сбегают на моторикше. Фоллер ухватывает первую часть Циферблата, но попадает в плен к Мейсону. Однако, Мейсон и его люди убивают его и украдут его вертолет, после того как он сообщает им, что правительство отказывается от него.
Джонс, Хелена и Тедди следуют за Фоллером в Грецию, где они обращаются за помощью к Ренальдо, другу Джонса, который является глубоководным ныряльщиком. Они нуждаются в его помощи, чтобы получить ключ к поиску второй части Циферблата из Эгейского моря. Несмотря на то, что они получают ключ, Фоллер убивает Ренальдо и следует за группой Джонса на Сицилию, где они находят вторую и последнюю часть Циферблата на могиле Архимеда.
Фоллер захватывает Джонса, собирает Циферблат и объявляет о своем намерении путешествовать во времени, чтобы вернуться в 1939 год и убить Адольфа Гитлера, надеясь изменить ход искусственно созданной войны. Хелена умудряется проникнуть на борт самолета Фоллера, прежде чем он взлетит, а Тедди преследует их на другом самолете.
В итоге, Джонс и его команда успешно завершают свою миссию, спасают мир от Фоллера и его планов изменить историю. Они возвращаются в настоящее время, где они могут наслаждаться своей победой и счастливой жизнью.