Если есть решение суда, в котором определены полагающиеся работнику выплаты, учитывайте его. В частности, если работнику полагается по решению суда возмещение морального вреда, произведите такую выплату исходя из установленной в решении суммы.
Или приводим стандартные рекомендации - нужно будет выплатить работнику недополученные суммы за весь период работы по гражданско-правовому договору, которые ему полагались, если бы он трудился по трудовому договору в указанный период (если есть основания для этого).
Полагающиеся работнику выплаты нужно рассчитать за каждый месяц работы по договору ГПХ с учетом отработанного работником времени.
Например, произведите доплату до МРОТ (размера минимальной заработной платы в субъекте, где трудится работник), если за месяц работник полностью отработал норму рабочего времени и выполнил нормы труда (трудовые обязанности), а вы платили ему за такой месяц сумму в меньшем размере.
Или, например, если во время действия договора ГПХ работник трудился в условиях, отклоняющихся от нормальных, то ему полагаются компенсационные выплаты (в частности, компенсация за работу во вредных и (или) опасных условиях труда, оплата работы в выходной день). Все суммы выплатите с учетом компенсации, рассчитываемой в соответствии со ст. 236 ТК РФ.
Если у вас возникли трудовые споры - обращайтесь за консультацией.