Командир Куринского егерского полка полковник князь Семен Воронцов поначалу даже не поверил в такую удачу. Но вскоре он лично, во главе сильного отряда, отправился навстречу знаменитому воину. Убедившись, что перед ним действительно Хаджи-Мурад, князь Воронцов препроводил необыкновенного перебежчика в крепость.
Вскоре прибыл адъютант царского наместника на Кавказе генерала князя М.С. Воронцова с приказом немедленно доставить Хаджи-Мурада в Тифлис, но «не так, как пленника, а как человека знаменитого, со всею подобающей честью».
В Тифлисе Хаджи-Мурад переменился. Он беспрерывно молился и отказывался кого-либо принимать. В редкие выезды из дома его сопровождал казачий конвой. Обычно он направлялся в мечеть, где молился и снабжал деньгами содержавшихся в Тифлисе пленных горцев, а затем делал визиты к Воронцову, чтобы справиться, нет ли вестей о семье.
Дело в том, что Хаджи-Мурат получил сведения, что Шамиль за его переход к русским угрожает ослепить его горячо любимого сына Юсуфа. Так как Воронцов не торопился помогать ему в освобождении его близких, Хаджи-Мурад добился разрешения поехать в крепость Грозную, чтобы самому попытаться организовать вызволение семьи. Но эта поездка закончилась неудачей.
Воронцов решил на время удалить Хаджимурата из Тифлиса. Местом жительства ему была назначено селение Шеки в одноименном уезде за Лезгинской кордонной линией.
В апреле 1852 года Хаджи-Мурад прибыл в Нуху в сопровождении сильного конвоя и под надзором. От него можно ожидать чего угодно. Было понятно, что если не удастся выручить его семью, то он попробует сделать это сам или даже перейдёт обратно к Шамилю, учинив в Нухе шумное происшествие в надежде на примирение с имамом.
Русское командование расставляло секретные караулы и полагалось на самих нухинцев, которые помнили недавний набег Хаджи-Мурада и готовы были при случае ему отомстить. Хаджи-Мурат, оказавшись в незнакомой для него обстановке, переживал о семье, о которой у него не было вестей, рвался назад, в родной Хунзах.
Жизнь, власть, ничего не значили для него без горячо любимой семьи, и он принимает решение вновь бежать в горы.
И однажды произошло то, чего многие и ожидали. В тот день, после очередной бессонной ночи, Хаджи-Мурад отказался от завтрака и начал седлать своего коня. Конвойные решили, что он, по своему обыкновению, собирается за город на прогулку. Отъехав версты две, Хаджи-Мурад спешился у родника, чтобы совершить омовение и помолиться со своими нукерами. Закончив намаз, он вскочил на коня и вдруг спросил начальника конвоя, мусульманина: почему тот не молился вместе с ними?
Урядник не нашелся что ответить и попробовал отшутиться. Хаджи-Мурад переменился в лице, и глаза его вспыхнули тем особенным огнем, наводившим ужас на его врагов.
«Не грех убить такого неверного, как ты!» — крикнул Хаджи-Мурад и выстрелил в него из пистолета. Урядник упал замертво. Другой конвойный был убит нукером Хаджи-Мурада. Затем, не дав опомниться остальным конвойным, горцы пустили коней в галоп. Казаки бросились следом, но беглецы, отстреливаясь, оторвались уже далеко и во весь опор мчались в горы.
На поимку беглецов были брошены все силы, На возможных путях его следования были выставлены караулы, из окрестных селений была мобилизована местная милиция.
От много раз успешно уходившего от погони знаменитого воина на этот раз просто отвернулась удача. Один, давно служивший на Кавказе и знавший повадки горцев, пожилой русский штабс-капитан довольно точно назвал путь, по которому поскачут беглецы.
К тому же ночью, в темноте, Хаджи-Мурат и его люди сбились с дороги и попали на вязкое, затопленное водой, рисовое поле. Потеряв много времени и с трудом выбравшись из этого болота, они на рассвете решили остановиться на опушке леса, чтобы дать отдохнуть уставшим лошадям.
В это время их и настигла погоня...
Видя, что они окружаны, люди Хаджи-Мурата зарезали своих лошадей и, соорудив из их тел что-то вроде бруствера, под их защитой, выкопав своими руками в земле яму, долго отстреливались от врагов, пока у них не кончились патроны.
И тогда, по сообщению генерала Василия Потто, с обнажённою головою, без шапки, Гаджи-Мурат, как тигр, выскочил из своей засады и, с шашкою в руке, один врезался в густые толпы милиционеров.
Он был изрублен на месте...
Согласно горским сказаниям Хаджи-Мурат умер, обняв дерево.
Хаджи-Мурат погиб в стычке с превосходящими силами казаков и горской милиции в районе селения Онджалы (в настоящее время Гахского района Азербайджана).
Могила Хаджи-Мурата стала зияратом - мусульманским почитаемым местом...
Князь М.С. Воронцов позднее писал: "Хаджи Мурад умер отчаянным храбрецом, каковым и жил; оставив своих лошадей, он спрятался в какую-то яму, которую укреплял с товарищами, копая землю руками, он отвечал ругательствами на предложение сдаться; на его глазах умерли двое его товарищей, и он сам, раненный четырьмя пулями, слабый и истекающий кровью, в отчаянии бросился на атакующих...!"
Голова Хаджи-Мурата после его смерти была отсечена неизвестным. Возможно это сделал Хаджи-Ага, который стал править в Илису после Даниял-бека. Голову переслали в Петербург, где череп хранился в Военно-медицинской академии . Затем в 1959 году он был передан в коллекцию черепов Музея антропологии и этнографии (бывшую Кунсткамеру). И долгое время он находился там.
По сведениям Википедии "на протяжении многих лет обсуждалось захоронение черепа Хаджи-Мурата в его могиле в Азербайджане: для облегчения этого череп был исключён из музейного фонда Российской Федерации. Тем не менее, из-за разногласия родственников передача головы из Кунсткамеры на начало 2018 года не была осуществлена.
В январе 2019 года сообщалось о планах по возвращению головы Хаджи-Мурата в Дагестан и её захоронении: с обращением по этому поводу выступил лидер «Справедливой России», депутат Госдумы Сергей Миронов.
В конце мая того же года появилась новость о том, что 2 июня останки Хаджи-Мурата будут перенесены из Гахского района Азербайджана и перезахоронены в его родном селе Хунзахе.
При этом администрация Хунзахского района официально заявила, что данная информация не соответствует действительности.
Тем не менее, захоронение предполагаемых останков Хаджи-Мурата состоялось в Хунзахе 2 июня без уведомления органов власти и без доказательств того, что останки действительно принадлежат Хаджи-Мурату и были эксгумированы в Азербайджане".
На Кавказа из поколения в поколение передают легенду о том, что бессрашный воин умер со словами: Убить вы меня сумели, но победить - нет!