Зимой-весной 1965 года состоялся уже 6-й розыгрыш Кубка либертадорес. Он получился одним из самых сильных по составу, начиная с момента основания турнира. На победу в нем претендовали все три клуба, побеждавшие в нем до этого. А конкуренцию Пеньяролю, Сантосу и Индепендьенте, всерьез готовился составить дебютант из Аргентины - Бока Хуниорс. Не обошлось и без потерь, тот турнир по неизвестным причинам, пропускал представитель Колумбии. Остальные 9 участников были разбиты на три группы, а действующий победитель ждал своего соперника в полуфинале.
Фавориты турнира действительно были разведены по разным группам, поэтому борьба в группах получилась довольно предсказуемой. В группе А, безоговорочную победу одержал Бока Хуниорс, дважды обыграв своих соперников - боливийский Стронгест и эквадорский Депортиво. Во второй группе уже с первого тура свои претензии на титул обозначил бразильский Сантос. Уже 13 февраля 1965 года, он разгромили в Сантьяго, чилийского Чемпиона - Университад де Чили, со счетом - 5-1. Правда, после этого команда знаменитого Пеле сбавила обороты и выиграла оставшиеся матчи без особого напряга. Очень интересная ситуация сложилась в группе С. Здесь Пеньяролю пришлось непросто, так как в борьбу за победу в группе всерьез вступил парагвайский Гуарани. Дело в том, что во втором туре, когда Пеньяроль играл в гостях встречался с венесуэльским Депортиво, в составе хозяев на поле появился дисквалифицированный игрок. В результате, Пеньяроль получил техническую победу, почему-то со счетом - 2-0. В результате, именно этот счет в итоге и вывел уругвайцев в полуфинал, при равенстве очков с парагвайским чемпионом. Состав полуфинальных пар получился самым сильным с момента основания турнира. В первом из них сошлись самые титулованные клубы турнира - Пеньяроль и Сантос, а в другом - две аргентинские команды - Бока Хуниорс и Индепендьенте.
Первый полуфинальный матч между Сантосом и Пеньяролем получился одним из самых интересных в истории турнира. Хозяева победили со счетом - 5-4 и оставили интригу на ответный матч в Монтевидео. А вот в дальнейшем, инициатива перешла к уругвайцам. Домашний матч они выиграли, а затем победили и в решающей битве, состоявшейся на нейтральном поле - в Буэнос-Айресе. А вот аргентинское противостояние получилось не столь ярким. Команды играли прагматично и более удачливым в этом оказался более опытный Индепендьенте. Здесь тоже не обошлось без третьего матча, который завершился нулевой ничьей. Победитель пары был определен лишь по разнице забитых и пропущенных мячей.
По существовавшим тогда правилам, было не важно с каким счетом была одержана победа, иначе трехкратным победителем турнира стал-бы знаменитый уругвайский клуб. Первый матч проходил в Аргентине и закончился минимальной победой хозяев, в составе которых отличился Рауль Бернао. Во втором матче гораздо убедительнее выглядел Пеньяроль и победил с разницей в два мяча. 15 апреля, на Национальном стадионе в Сантьяго состоялмся третий и решающий матч. Футболисты Индепендьенте смогли подойти к нему в идеальной форме и не оставили шансов грозному сопернику. Уже к 30-й минуте все было решено. Счет открыл защитник Пеньяроля - Перес, срезавший мяч в свои ворота, затем снова отличился Бернао, а затем Аваллай довел дело до разгрома. Во втором тайме расклад сил не изменился. Команды обменялись голами и дело дошло до логического финала. Теперь сразу три команды стали двукратными обладателями Кубка Либертадорес.