Клуб основан в 1947 году
Изначально клуб назывался Динамо, Спартак и только в 1962 году команда стала называться Жальгирис.
Жальгирис в высшей лиге Союзного первенства по футболу провёл 9 сезонов.
Нивысшее достижение Вильнюсцев в первенстве СССР - 3 место в сезоне 1987 года.
Лучшими игроками за Союзную историю команды стали: Сигистас Якубаускас (80 голов), Арминас Нарбековас (58 голов), Вальдас Иванаускас (20 голов).
Первый сезон проведённый в высшей лиге СССР - 1962
Последний сезон проведённый в высшей лиге СССР - 1989
Наивысшее достижение в кубке СССР - стадия 1/2 финала в сезоне 1987 года.
