Клуб основан в 1947 году Изначально клуб назывался Динамо, Спартак и только в 1962 году команда стала называться Жальгирис. Жальгирис в высшей лиге Союзного первенства по футболу провёл 9 сезонов. Нивысшее достижение Вильнюсцев в первенстве СССР - 3 место в сезоне 1987 года. Лучшими игроками за Союзную историю команды стали: Сигистас Якубаускас (80 голов), Арминас Нарбековас (58 голов), Вальдас Иванаускас (20 голов). Первый сезон проведённый в высшей лиге СССР - 1962 Последний сезон проведённый в высшей лиге СССР - 1989 Наивысшее достижение в кубке СССР - стадия 1/2 финала в сезоне 1987 года.