Эксплорер третьего поколения подвергся более глубокой переработке, чем предыдущее поколение. Изменения коснулись практически всего автомобиля. Кузов стал длиннее и шире. Появился третий ряд сидений. Однако задние сидения, включая и третий ряд, по-прежнему складываются образуя ровный пол. Задняя подвеска стала независимой. Увеличилась и база. Рама подверглась полной переработке: жесткость на кручение увеличена в 3 раза.
Старый 4-литровый двигатель Cologne V6 получил алюминиевую головку блока. При этом немного увеличились показатели мощности (210 л. с. при 5100 об/мин) и крутящего момента (344 Н·м при 3700 об/мин). Но ключевым стал новый двигатель Triton V8 объёмом 4,6 литра. Этот двигатель имеет головку блока цилиндров из алюминия и выдает уже 240 л. с. при 4750 об/мин, и максимальный крутящий момент 397 Н·м при 3450 об/мин.
На Эксплорер 3-го поколения устанавливалась автоматическая трансмиссия Ford 5R55W, которая по сути является развитием коробки предыдущего поколения, и механическая — Mazda M5-R2. Система Control Trac теперь обеспечивается новой раздаточной коробкой BW-4411. Как опция появляется новая система AdvanceTrac — постоянный полный привод с межосевым дифференциалом распределяющим крутящий момент в пропорции 35:65 между передними и задними осями благодаря раздаточной коробке BW-4412. Применены и новые технологии в обеспечении безопасности пассажиров. Эксплорер стал первым внедорожником, на который устанавливались боковые занавески безопасности — Safety Canopy.