Вершиной высшего образования Российской Империи были Императорские университеты. К 1894 году в Российской Империи было 9 университетов: Московский, Петербургский, Харьковский, Казанский, Киевский, Новороссийский, Томский, Юрьевский, Варшавский. При Николае II создаются ещё 2 — Саратовский (1909) и Пермский (в 1916 году — как отделение Петроградского университета, с 1917 — как отдельный университет).
В связи с началом индустриализации быстрыми темпами развивается специализированное высшее инженерное оборудование. Крупнейшим технологическим вузом страны становится основанный в 1898 году Императорский Санкт-Петербургский политехнический институт. В 1896 году основан Томский технологический институт. В 1896 и 1907 годах — Екатеринославский горный и Донской политехнический (крупнейшие институты юга России). В 1896 году в Москве создано специализированное инженерное училище (с 1913 года — институт) путей сообщения. В 1898 году — Киевский политехнический институт. В 1899 году в Петербурге создан первый в России специализированный электротехнический институт.
Развивается и высшее сельскохозяйственное образование. Крупнейшим становится основанный в 1912 году Воронежский сельскохозяйственный институт.
По всей стране открываются профильные вузы и других направлений: педагогические, медицинские и военные. С 1890 по 1913 год число студентов (по всем вузам Российской Империи) возрастает в 10,8 раза.
В исторической перспективе этот рост выглядит следующим образом:
• 1890-1913 — рост в 10,8 раза;
• 1913-1940 — рост в 6 раз;
• 1940-1987 — рост в 6,2 раза.