Ж. Алиев контролировал три образовательных учреждения: "Университет Астана", "Центрально-Азиатский университет" и "Казахстанский морской университет".
Однако Министерство образования и науки Республики Казахстан выявило серьезные нарушения государственных образовательных стандартов в работе этих университетов. Это включало в себя недостаток необходимых учебных ресурсов и несоблюдение требований к минимальному числу студентов.
В результате действий Министерства, 19 декабря 2019 года руководство "Казахстанского морского университета" было привлечено к административной ответственности по решению Специализированной межрайонной административной судебной коллегии Мангистауской области за невыполнение предписания Министерства образования и науки относительно устранения выявленных нарушений законодательства. В результате, на руководство был наложен штраф в размере 15 МРП в соответствии со статьей 462 части 3 Кодекса об административных правонарушениях Республики Казахстан.