Этот музей (Museu do Bonsai e da Árvore) родился из Центра бонсай города Синтра (Bonsai Centro de Sintra). Центр начал действовать в 1982 году, а затем получил название тропический сад Синтры. В самом начале организация выполняла функции садового центра и занималась строительством и озеленением садов. Основателем центра был Марко Родригес (Marco Paulo Ribeiro Barros Rodrigues). В 1989 году в Португалии время от времени начали появляться бонсай, чаще всего это были растения из Нидерландов. Появление на рынке карликовых деревьев было неожиданностью. Информации об уходе было крайне мало, но бонсай постепенно увлекал многих любителей растений. Бонсай появились и в садовом центре Синтры. Первая информация об уходе за этими растениями приходила от некоторых посетителей центра. Затем поиск информации, наблюдение и собственные исследования сотрудников центра привели их к пониманию этого искусства. Деятельность Родригеса со временем привела к возможности открыть школу, а позже – музей бонсай.