At the end мы используем когда имеем ввиду в прямом смысле в конце чего-то: at the end of the book, the week, the street.
А In the end это то же самое что и finally или eventually - наконец-то, в конце концов. Как в песне Linkin Park- I’ve tried so hard and got so far, in the end it doesn’t even matter- Я старался так много, я зашел так далеко, но в конце концов это не имеет даже значения.