Старообрядцы покинули Кремль с поднятой головой и на Красной площади объявили всенародно о своей полной победе. А в это время в Грановитой палате правительница Софья обратилась к представителям стрельцов:
"Чего вы смотрите?... Неужели вы, верные слуги нашего деда, отца и брата, в единомыслии с раскольниками? Вы и нашими верными слугами зоветесь: зачем же таким невеждам попускаете? Если мы должны быть в таком порабощении, то царям и нам здесь больше жить нельзя: пойдём в другие города и возвестим всему народу о таком непослушании и разорении..."
Опасаясь, что Софья объявит сбор дворянского ополчения, стрельцы отступились от старообрядцев, обвинили их в разжигании смуты. Вечером этого же дня они расправились с Никитой Пустосвятом, отрубив ему голову. Хованский едва успел спасти остальных старообрядцев, которым он ранее гарантировал безопасность.
После этих событий Софья больше не рассчитывала на помощь Хованского и рассматривала его как одного из главных своих противников.
19 августа должен был состояться крестный ход в Донском монастыре, в котором по обычаю принимали участие цари. Зависимое от стрельцов положение правительства продолжалось до этой даты, потому что именно 19 августа Софья предприняла ловкий политический маневр.
Царская семья в полном составе (оба царя, обе вдовствующие царицы — Наталья и Марфа, и восемь царевен, в том числе правительница Софья) под конвоем царских стольников выехала якобы в монастырь, но по дороге свернула в Коломенское - подмосковное имение царской семьи.
Оттуда правительственный кортеж по проселкам, в объезд Москвы, к 14 сентября добрался до села Воздвиженское на Ярославской дороге, в нескольких верстах от Троице-Сергиева монастыря, Сюда же собрались остатки боярской думы и все царские дворовые.
Князь Хованский с сыном Андреем отправились в Воздвиженское договариваться с правительницей. По дороге они оба были схвачены сильным отрядом царских стольников, и 17 сентября (день рождения Софьи) привезены в Воздвиженское как пленники.
Здесь, у околицы, в присутствии нескольких бояр отцу и сыну было зачитано обвинение в намерении извести царей и самим завладеть престолом, а также смертный приговор, который был тут же приведён в исполнение.
Софья же перенесла свою ставку под защиту крепких стен Троице-Сергиева монастыря и, разослав гонцов во все ближние города, стала собирать конное и пешее дворянское ополчение.
Не получив поддержки от полков "иноземного строя" и лишившись своего лидера, стрельцы потеряли всякую способность к решительным действиям. Они посылали правительнице одну челобитную за другой, в которых просили Софью не лишать их своей милости и обещали служить ей верой и правдой, не щадя живота.
В октябре стрельцы прислали челобитную, в которой признавали свои действия 15 -18 мая преступными, умоляли царей о помиловании и сами просили царского указа о сносе памятного столба на Лобном месте, который в своё время был воздвигнут по их требованию.
И Софья обещала стрельцам прощение. Начальником стрелецкого приказа был назначен думный дьяк Ф.Л. Шакловитый, который без массовых респрессий и казней восстановил в стрелецком войске порядок и дисциплину.
В начале ноября царский двор вернулся в Москву, и только царица Наталья Кирилловна с сыном, царем Петром I, опасаясь враждебной партии Милославских, предпочла жить в загородной резиденции Алексея Михайловича - селе Преображенском, под охраной верных ей людей.
Режим правления Софьи Алексеевны при номинальном царствовании Петра I и Ивана V, установленный в результате стрелецкого бунта, продлился 7 лет, до сентября 1689 года, когда в результате обострения конфронтации между юным Петром и Софьей последняя была лишена власти..
Молодой царь Петр несомненно прекрасно знал все подробности стрелецкого мятежа 1682 года и после очередного стрелецкого бунта 1698 года решил окончательно ликвидировать ненадежное стрелецкое войско и координально изменить принципы формированя всей русской армии.
И даже после поражения от шведов под Нарвой в 1700 году, когда вновь набранные Петром полки бежали, а наиболее стройкими оказались именно опытные стрелецкие полки и полки "иноземного строя", царь не изменил своему широко задуманному плану всеобъемлющей армейской реформы.
Петр в том числе и на своем опыте видел все недостатки стрелецких полков и полков "нового" или "иноземного строя", которые обходились казне слишком дорого и дисциплинированность и боеготовность которых во многом зависила от регулярности выплаты жалования рядовым стрельцам и солдатам.
Поэтому при реформировании обновленной русской армии Петр сделал ставку на регулярные, дисциплинированные и постоянно боеготовые полки.
Полки, формируемые по образцам принятым в то время в европейских армиях и пополняемые, как в тогдашней Австрийской империи, за счет ректрутских наборов. И для пехоты, и для кавелерии и для артиллерии был принят единый подход к комплектованию .
Рекрутский принцип набора рядовых солдата обеспечивал стране более дешевую и более дисциплинированную армию, потому что само, полностью зависимое от государства положение солдат-рекрутов, позволяло платить им очень мало, буквально копейки.
Рекруты, набиравшиеся в основном из крестьян, по сути становились "рабами государства". Они не имели никакой собственности и не были привязаны к интересам какой-либо социальной группы. У них не было ни семьи, ни какого-либо имущества, - обмундирование, оружие и питание они получали из казны.
Путем каждодневной муштры через несколько месяцев их можно было превратить в почти бездушные автоматы, привыкших слушать и исполнять только приказы своих командиров. С момента формирования в России рекрутской армии до милютинской военной реформы случаев массового неподчинения солдат почти не было.
Русские дворяне должны были теперь служить в качестве офицеров в пехотных (фузилерских, мушкетерских и гренадерских) полках, бомбардирских (артиллерийских) ротах и в конных (рейтарских, драгунских и гусарских) эскадронах.
Экономическое и политическое господство дворянского сословия в России обеспечивалось теперь не только владением землей, которую Петр передал дворянам в собственность, но и привилегированным положением в армии, где они занимали все офицерские и генеральские должности.