Автомобиль вновь появился в сентябре 1998 с изменённой ходовой частью и другими обновлениями. Новое поколение стало немного короче предыдущего, и передняя ось стала ближе к фронту. Клапанные крышки были покрашены в блестящий красный, вместо чёрного, который наносился на них в прошлых поколениях. Были также усовершенствованы турбокомпрессоры. Специально для этого автомобиля была спроектирована новая, более прочная 6-ступенчатая коробка передач GETRAG. На моделях V-spec появились датчики температуры интеркулера. На R34 GT-R устанавливался 5.8" LCD дисплей, позволяющий просматривать такие параметры, как давление турбонаддувов, температуру масла и охлаждающей жидкости, а для V-spec, также график продольных и поперечных кренов и время круга в кольцевых гонках.
Также, как и поколение R33, новые модели R34 GT-R V-spec оснащались ATTESA E-TS Pro system, но на стандартные GT-R системы «Pro» не устанавливались. Версии V-spec получили более устойчивую подвеску и заниженную посадку. Модели V-spec также включали располагающийся на капоте пластмассовый диффузор, (охлаждающий нижнюю сторону двигателя), и карбоновый диффузор, разработанный, чтобы направлять под автомобиль гладкие потоки воздуха.
