Когда в Слободском дворце Александр I встретился с представителями московского купечества и дворянства. Купцы постановили внести на нужды армии 10 миллионов рублей, а дворяне выделить 3 миллиона рублей и собрать ополчение, командовать которым решили предложить Михаилу Илларионовичу Кутузову. Император, окруженный толпами народа, под беспрестанные крики "ура" вернулся в Кремлевский дворец. "Этого дня я никогда не забуду", - много раз повторял он. Александр I впервые почувствовал себя не военачальником, армия которого противостоит Наполеону, а царем народа, готового на любые жертвы ради победы и способного изгнать захватчика. Выехав из Москвы в ночь с 18 на 19 июля, он прибыл в Петербург 22 июля и уже 8 августа уступил воле всех слоев населения и назначил 67-летнего генерала главнокомандующим всеми армиями и ополчениями.
26 августа возглавивший армию М.И. Кутузов дал Бородинское сражение, после которого, не получив подкреплений, приказал оставить Москву. Московский генерал-губернатор граф Ф.В. Ростопчин организовал эвакуацию переполнивших город раненых, а также громадных архивов, сокровищ кремлевских соборов, монастырей, патриарший ризницы и Оружейной палаты. Население покинуло Москву. По примерным подсчетам, из 200 тысяч жителей в городе осталось не более 10 тысяч. Москва опустела..
3 сентября Наполеон верхом на коне въехал в Кремль через Троицкие ворота и расположился в недавно отремонтированном (для московского коменданта) Потешном дворце. Уже к ночи этого дня пожары, начавшиеся в оставленной хозяевами деревянной Москве, распространились на весь город. На крышах кремлевских зданий поставили солдат, которые гасили искры и горящие обломки, приносимые ветром из-за стен , поэтому Кремль от пожара пострадал меньше, чем остальная Москва. Тем не менее Наполеон был вынужден оставить Кремль, с риском для жизни пересечь горящий город и расположиться в пригородном Петровском дворце. Штаб наполеоновской армии обосновался в Чудовом монастыре, а кремлевские соборы были превращены в казармы французской гвардии, которая разграбила оставшуюся церковную утварь и в поисках сокровищ вскрыла даже царские гробницы. Пожары, бушевавшие трое суток, уничтожили почти половину города. Сгорело более 4000 деревянных и более 2000 каменных домов.