Одновременно с проблемой вторжения турецких флотов, Суворов занимается еще одной важной задачей.
Еще 9 марта императрица Екатерина II подписала Указ «О переселении всех христиан из Крыма в южную российскую местность». У этого решения имелись две цели: первая — заселение пустующих вновь присоединенных территорий Российской империи; вторая — экономическое ослабление Крымского ханства, с тем, чтобы подорвать его независимость и ускорить процесс присоединения к России. Ведь христиане — подданные хана в основном являлись зажиточными торговцами и ремесленниками, уплачивающими в казну существенную долю налогов.
Руководит выводом христиан фаворит Императрицы Григорий Потемкин губернатор Новороссийской, Азовской и Астраханской губерний, поскольку именно он в первую очередь заинтересован в скорейшем переселении крымских христиан — греков и армян на подотчетные ему земли. Исполнять программу вывода должен командующий войсками в Крыму и на Кубани генерал-поручик Суворов.
Засучив рукава, Суворов берется за новое для себя дело — переселение народов. Свою кампанию по пропаганде вывода на новые земли Александр Васильевич начинает с обращения к греческому митрополиту Игнатию. Митрополит дает согласие, выставив, однако, перечень необходимых для переселения условий. В этот перечень входят: выкуп недвижимого имущества переселяющихся, пособие для переезда и провоза имущества, а также экономические и социальные льготы при выводе. Чтобы ускорить процесс, Суворов прибегает к переписке с Потемкиным, действуя через голову своего непосредственного руководителя Румянцева-Задунайского, и получает все необходимые гарантии, а также крупную сумму денег для вывода христиан в размере 130.000 рублей.
Поскольку, крымские христиане обременены непосильными налогами, то семена популяризации в их среде переселения на новые земли с самого начала попадают на благотворную почву. В рекордные сроки, уже к концу июля, у генерал-поручика Суворова все готово для вывода, о чем он и докладывает в письме фельдмаршалу Румянцеву-Задунайскому: «Уповательно, христиане через месяц к выходу изготовиться могут…»
К началу августа Суворов уже выкупил у крымских христиан их родовое недвижимое имущество в Крыму, раздобыл 6000 воловьих подвод, учел и уладил массу больших и малых организационных вопросов, включающих в себя, также, выплату взятки татарским таможенным откупщикам в размере 5.000 рублей.
А тут еще, как назло, грянула гроза от крымского хана Шагин-гирея, разобравшего, к чему приведет его страну переселение христиан. Хан рвет и мечет. Грозится поехать с жалобой в Петербург, распускает слухи о том, что русские готовятся к нападению на татар, а то и сам начинает угрожать открытием боевых действий.
Суворов с честью выдерживает и этот поток бессильного гнева, достойно отражая выпады хана в переписке, а также, держа наготове русские войска, в тоже время продолжая готовить вывод и охраняя христиан от нападок татар.
В августе со скрипом начинается переселение. Крымский хан чинит массу препятствий как бюрократического характера, так и методами запугивания и даже террора переселенцев. Некоторые христианские семьи от вывода отказываются. Александр Васильевич начинает входить в причины отказа. Вникает. Разбирает. Разъясняет. Исправляет положение. Тут еще непосредственный начальник фельдмаршал Румянцев недоволен и запрещает насильственное переселение, хотя Суворов ничего подобного себе не позволял, всегда действуя убеждением.
В конце сентября вывод христиан благополучно завершен. Переселено из Крыма свыше 31000 христиан. Греков поселяют в Приазовье между реками Бердой (Запорожская область) и Кальмиусом (Донецкая область) в городах Мариуполь и Мелитополь. Армяне располагаются в новопостроенном городе Нахичевань, у крепости Дмитрия Ростовского (ныне г. Ростов-на-Дону) и в окрестностях. Румянцев-Задунайский доносит Императрице, что «вывод христиан может почесться завоеванием знатной провинции».
При переселении, благодаря точности расчетов, а также, умелой распорядительности, генерал-поручику Суворову удалось сэкономить для казны 100.000 рублей, поскольку изначально предполагалось потратить на вывод не менее 230.000. Во все время кампании по переселению, распоряжения Александра Васильевича отличались особым благоразумием и осмотрительностью, что привело не только к мирному разрешению кризиса в Крыму, но и к счастью переселившихся христиан, сумевших благополучно обустроиться на новых местах и принести пользу Российской империи. Лишь очень немногие из переселенцев предпочли вернуться обратно в Крым.
Вывод христиан позволил Суворову проявить незаурядные способности администратора, и он с честью вышел из этого испытания.