Дело о пропаже майора КГБ переполошило все управление. Делом занялись лучшие сыщики. Личность установили 28 декабря по больничному листу. Вначале возникла версия, что гибель произошла в результате ДТП, а Вячеслав направлялся на дачу знакомого сотрудника ведомства. Эта версия появилась из-за следов «Волги» на месте преступления, сломанной авторучки и окурка. Но вскоре от неё отказались, так как выяснилось, что сотрудники ГАИ преследовали черную машину, но она оторвалась и скрылась.
Следователи начали разматывать ниточку преступления и пришли к выводу, что последний раз живым Афанасьева видели на станции метро «Ждановская». Под подозрения сразу попали дежурные 5-го милицейского отдела, работавшие в ту ночь.
В этот момент раскрытие преступления стало личным мотивом. Личным мотивом главы КГБ СССР — Андропова. Между ним и начальником МВД Николаем Щелоковом были сложные отношения, поэтому доказать причастность сотрудников МВД к делу было принципиально.
Дело передали в Генпрокуратуру. Главным следователем был назначен Владимир Калиниченко.
Первый его шаг — обыски у подозреваемых сотрудников милиции. По месту жительства каждого из них отправили 30 следователей в сопровождении сотрудников КГБ. Это дало результаты — у одного из милиционеров нашли блокнот Афанасьева. В служебном помещении отдела на «Ждановской» криминалисты обнаружили множество замытых следов крови на стенах.
Но расследованию явно хотели помешать. На пути к Лефортово, куда свозили всех задержанных милиционеров, следователи заметили за собой машины, которые явно их преследовали. Глава МВД Щелоков свою причастность к этому отрицал, ссылался на личную инициативу от ГУВД Мосгорисполкома.
Обстановка вокруг дела накалялась, в КГБ понимали, что жизни Калиниченко угрожает опасность. Кроме того, Щелоков один раз упомянул, что следователю стоит быть осторожнее. Этот намек восприняли правильно. К семье Калиниченко и к нему самому были приставлены бойцы подразделения «Альфа», а также провели инструктаж как вести себя в случае опасности. Из воспоминаний Калиниченко: «Поднимаешься, из лифта сразу не выходишь, выжидаешь секунд 30-40, потом выглядываешь, если нет никого, ты с пистолетом наготове выходишь и первым делом смотришь, не прячется ли кто возле мусоропровода. Если есть — то стреляешь, не раздумывая.»
Начались допросы подозреваемых. Попов и Лобанов признавать вину отказывались и пытались свалить все на бригаду медвытрезвителя. Якобы они передали его туда в ту ночь. На очной ставке с начальником медбригады выяснилось, что медики действительно там были, но Афанасьева забрать и по просьбе милиционеров выкинуть по дороге отказались и уехали.
Убийцам не удалось вывести следствие на ложный путь. Они начали признаваться и сдали своего начальника Барышева. Он сначала тоже пытался откреститься и сказал, что всю ночь был у любовницы, но женщина брать на себя грех отказалась и Барышев отправился к своим сообщникам в СИЗО.
В ходе следствия выяснилось, что повальное пьянство было рутиной для 5-голинейного отдела милиции. Барышев часто пил со своими подчиненными, правда на следующее утро они боялись к нему заходить, пока тот не опохмелится.
Образ честной советской милиции рушился на глазах. Уже известный нам Лобанов оказывается убивал не первый раз. В 1975 году, он убил уроженца Армавира в собственном доме с целью грабежа, расчленил, а потом понемногу вывозил останки и раскидывал в подмосковных лесах. Зато на службе он был почетным работником, имел несколько наград и висел на доске почета.
Приговор по делу был суровым, но ожидаемым: четверо, а именно Попов, Лобанов, Рассохин и Барышев были расстреляны. Участвовавшие в избиении милиционеры получили от 5 до 13 лет тюрьмы, а весь остальной отдел расформировали, а сотрудников уволили.
Андропов решил доиграть партию и инициировал проверку всего МВД. В ходе которого выяснилось, что такой случай не был исключительным. Многие сотрудники рассматривали работу как источник заработка. Лобанов, например, успел наворовать на двухкомнатную квартиру. В итоге проверки 80 сотрудников оказались под следствием, 300 уволили.
Андропов разрешил СМИ осветить это дело, что нанесло огромный имиджевый урон Щелокову и всей советской милиции.
Но Щелоков не собирался сидеть сложа руки. В 1982 году он убедил Брежнева, что Андропов готовит антипартийный заговор и получил разрешение задержать Андропова на трое суток. Но и здесь чекист его переиграл. Через агентов в МВД он узнал об этой операции и сыграл на опережение — задержал всех доверенных лиц Щелокова, а также доказал, что тот злоупотреблял служебным положением. Семья Щелокова владела 3-мя автомобилями Mersedes, украшениями на сумму 250 тыс. рублей, одно из которых проходило вещдоком по уголовному делу, а также оформлял из казны милиции букеты родственникам, записывая их как венки к Могиле Неизвестного Солдата.
Этот удар он и его семья не перенесли. Сначала жена покончила жизнь самоубийством, а следом и он, лишенный всех наград, званий и чинов.