Являлся владельцем ряда образовательных учреждений: «Центрально-Азиатский университет», университет «Астана» и «Казахстанский морской университет».
МОН РК выявлены многочисленные нарушения государственных стандартов образования (отсутствие необходимой материально-технической базы, не соответствие законодательству профессорско-преподавательского состава, несоблюдение требований к наличию минимального контингента обучающихся и др.) в деятельности вышеуказанных ВУЗов.
Принадлежащие Ж.Алиеву ВУЗы являлись «конторами по печатанию дипломов», в которых его дети, проживая в других городах, числятся преподавателями, а выпускники имеют проблемы с трудоустройством