Первое крупное произведение — семейный роман-сага «Джевдет-бей и его сыновья», в котором рассказывается история нескольких поколений стамбульской семьи.
Основные темы творчества писателя — конфликт и противостояние между востоком и западом, исламом и христианством, традициями и современностью.
Действие почти всех книг Памука происходит в Стамбуле.
Книга «Музей невинности», посвящена вещам как отражению реальности прошлого. По словам Памука, он формирует коллекцию для музея старых вещей, подобного тому, который описан в книге.
Личная позиция писателя по спорным вопросам сделала его противоречивой личностью среди соотечественников. Некоторые восхищаются его гражданским мужеством, другие считают его предателем родины.
В 2005 году турецкое правительство подало на него в суд. Поводом послужила его фраза из интервью данного швейцарскому изданию «Das Magazin» в феврале 2005: «В Турции был убит миллион армян и триста тысяч курдов. Об этом никто не говорит и меня ненавидят за то, что я говорю об этом».
По словам Памука, после публикации этого интервью он стал объектом кампании ненависти, из-за которой был вынужден покинуть Турцию, но вскоре вернулся назад, несмотря на обвинения.