Локус А (палевый/соболиный, триколор (трехцветный)/черно-подпалый, сплошной черный)
В генетической структуре собаки выделяют четыре различных аллеля окраса агути. Эти аллели обозначаются как Ay, aw, at и a. Порядок их доминирования выстраивается следующим образом: Ay доминирует над aw, aw доминирует над at, а at, в свою очередь, доминирует над a. Например, если генотип собаки Ay/at, то окрас будет связан с аллелем Ay, а не с at. Тем не менее, окончательный окрас определяется в зависимости от присутствия доминантного гена в локусе К (определяющего черный окрас) или рецессивного гена в локусе E (палевый), поскольку оба эти локуса доминируют над локусом А и могут подавлять его проявление, в случае их наличия окрас агути не будет проявлен.
Ген агути (локус А) определяет базовый окрас для собак с генотипом ky/ky в локусе К (доминантный черный). Только в этом случае агути будет проявлен в окрасе. Тем не менее, гены в локусах В или D могут также влиять на окрас шерсти собаки. Например, если собака имеет генотип b/b (рецессивный) в локусе В, у нее все равно будут участки, окрашенные черным пигментом, но из-за модификации окраса они будут выглядеть шоколадными.
Однако, если у собаки локус А сочетается с палевым окрасом (рецессивный ген в локусе E), и при этом собака имеет генотип b/b в локусе В, то у собаки с палевым окрасом будет шоколадный нос. С другой стороны, собака с генотипом at/at будет иметь шоколадно-подпалый окрас, а не черно-подпалый. Если мы говорим, что собака имеет генотип n/n по какому-либо окрасу, это означает, что собака рецессивна по этому гену, и связанный с ним цвет в окрасе шерсти не проявляется. Термин "рецессивный" применяется к любым аллелям окраса, которые не проявляются в окрасе шерсти.
Аллель "Ay"
Аллель Ay представляет собой наиболее доминантный ген из всех четырех аллелей, находящихся в локусе A. Ген Ay определяет широкий спектр окрасов шерсти у собак, начиная от светло-палевого и заканчивая темно-рыжим и даже соболиным. Вариации окраса связаны с различными степенями проявления этого гена. У собак с генотипом ky/ky в локусе К (доминантный черный) и имеющих одну или две копии аллеля Ay, этот ген всегда будет проявляться в окрасе, так как аллель Ay доминирует над ky.
Тем не менее, следует отметить, что даже у собак с палевым или соболиным окрасом может быть носителем любого из трех других аллелей агути, которые, однако, не проявляются в окрасе. Наблюдая за такой собакой, человек не сможет определить, является ли она носителем aw, at или a.
Собака с палевым окрасом (Ay) не всегда будет передавать копию аллеля Ay своему потомству. Если генотип собаки представлен как Ay/aw, Ay/At или Ay/a, то в 50% случаев потомство унаследует копию аллеля Ay, в остальных 50% случаев наследуется другой аллель. Только собака с двумя копиями аллеля Ay в генотипе всегда будет передавать аллель Ay своим щенкам. При скрещивании с партнером с генотипом ky/ky в локусе К, всегда будут появляться щенки палевого или соболиного окраса.
Аллель "aw"
Аллель aw дает окрас, который известен как "дикий соболь". Иногда его также называют "диким типом", а у некоторых пород он называется "диким кабаном". При таком окрасе волосы имеют градиентный переход от черного до рыжего или палевого цветов. Аллель aw иногда встречается у некоторых пород, включая немецких и других овчарок. При этом окрасе собака обязательно является рецессивной по аллелю Ay (n/n), то есть этот аллель не проявляется. Собака с одной или двумя копиями гена aw будет иметь окрас "дикий соболь", но способ передачи этого признака потомству может варьироваться.
Если у собаки есть две копии гена aw в генотипе, она всегда передаст этот аллель своему потомству. Если у нее один аллель aw и один аллель at или a (которые не проявляются в окрасе у собаки-носителя), любой из этих аллелей может быть передан потомству.
Аллель "at"
Аллель at отвечает за черно-подпалый и триколор (трехцветный) окрасы у собак. Триколор окрас образуется при сочетании черно-подпалого с белым. Белый окрас, как правило, представляет собой просто отсутствие цвета, а не наличие пигмента, что закодировано в генотипе. Чтобы собака имела черно-подпалый или триколор окрас, она должна иметь генотип n/n по локусу К (доминантный черный), чтобы локус К не влиял на цвет шерсти и не придавал черный окрас. Кроме того, собака должна быть n/n по аллелям Ay и aw, то есть иметь либо две копии аллеля at, либо одну копию аллеля at и одну аллеля a, иначе аллели Ay и aw будут подавлять окрас аллеля at, доминируя над ним.
При наличии двух копий гена at в генотипе собаки, аллель at всегда будет передаваться потомству. Однако это не гарантирует черно-подпалый окрас у щенков, так как окрас шерсти потомства также зависит от генотипа второго родителя.
Аллель "а"
Для проявления черного окраса, связанного с аллелем а, генотип собаки должен быть ky/ky по локусу К (доминантный черный) и n/n по локусам Ay, aw и at. Кроме того, собака должна иметь две копии аллеля а, чтобы убедиться, что ее черный окрас вызван действием локуса а. Важно отметить, что сплошной черный окрас может быть обусловлен и другими комбинациями генов, например, при генотипе kB/kB или kB/ky по локусу К (доминантный черный), при которых локус А не влияет на окрас. Поэтому аллель а также иногда называют рецессивным черным.
Это также верно для биколоров (двухцветных), которые являются рецессивными по локусу К (ky/ky). Такой генотип часто встречается у солидных черных немецких овчарок. Аллель а является наиболее рецессивным, поэтому для его проявления в фенотипе собаки необходимо иметь две копии аллеля а и быть n/n по аллелям Ay, aw и at. Собака с рецессивным черным окрасом всегда будет передавать аллель а своему потомству.