Сама богадельня была открыта Казанским городским обществом в 1848 году как Дом призрения бедных, престарелых и увечных граждан Казани, однако по имени главного благотворителя, купца Василия Михайловича Ложкина, сразу же даже в официальных документах стала именоваться Ложкинской богадельней.
Кроме Ложкина на строительство и содержание богадельни значительные суммы жертвовали Гавриил Лихачёв, чья усадьба находилась на улице Новогоршечная, нынешняя Бутлерова, и Фёдор Корольков. Здание богадельни строилось по проекту архитектора Бессонова, первоначально было рассчитано на 80 мест, а потом было расширено до 200.
Церковь при богадельне, без выделения отдельного здания, оборудовали почти сразу же, в 1850 году. В 1861 году из-за просадки грунта под богадельней здание пошло трещинами и просело, и его пришлось перестраивать. Перестроенное здание ввели в эксплуатацию в 1863 году, в том же году был освящён и новый храм, пока тоже находившийся в основном объёме здания.
Нынешний вид здание приобрело в 1893 году, когда казанская купчиха Юлия Годяева на деньги, завещанные своим дедом Фёдором Постниковым, построила новое здание богадельни, значительную часть которого заняла трёхпрестольная церковь. И получилась у нас не церковь при богадельне, а богадельня при церкви.
Но прослужило это здание церковью-богадельней относительно недолго. Спустя четверть века, в 1918 году, церковь закрыли, а богадельню превратили в дом престарелых. Позднее тут находился городской отдел статистики. При этом сохранялся и старый корпус, того же 1848 года, который снесли в 2004 году для строительства нового элитного жилого комплекса.