Главный герой получает уникальную возможность — послужить человечеству, будучи на грани смерти. Его перемещают в сознание человека, которого нет в живых, после произошедшего теракта в поезде, где тот ехал. У капитана Колтера Стивенса есть задание: обнаружить расположение взрывчатки, добыть любую информацию о злоумышленнике, который уже готовит следующий теракт, более разрушительный и ужасающий по своим последствиям. Над городом Чикаго нависла незримая угроза взрыва «грязной бомбы».
Колтер влюбляется в пассажирку поезда Кристину, и, помимо своей основной миссии, пытается понять, как же работает технология «исходный код», и как им спастись? Когда же ему это удаётся, он собирается сделать невозможное: изменить реальность. После множества заверений, что это невозможно и что технология до конца не изучена, Колтеру всё же удаётся изменить, как свою судьбу, так и судьбу пассажиров. Он совершает открытие в секретной технологии и считает это подарком человечеству. История заканчивается привычным хэппи-эндом; возникает приятное ощущение, что возможно изменить свою судьбу, даже в самых утопичных случаях. Но что же мы получаем в итоге?
Действительно, Колтер помогает предотвратить страшнейшую катастрофу, в которой могли бы погибнуть миллионы людей. Он меняет свою судьбу и получает шанс на вторую жизнь. Но теперь эта технология обретает новую возможность: она способна не только предотвращать злодеяния, но и изменять реальность. Капитан Колтер Стивенс подарил сильным мира сего ключ от ящика Пандоры, которым те непременно воспользуются, получив дополнительный рычаг управления в схватке за власть на планете.
«Исходный код» чем-то перекликается с другим похожим по смыслу фильмом — «Особое мнение», в котором разработчик проекта подтасовывал результаты провидцев в свою пользу. Изначально задумка профилактики преступлений выглядела безальтернативной. Но верой в «непогрешимость профилактики» стали манипулировать. В итоге проект пришлось закрыть.
Какое же будущее у технологии «исходный код», и как её будут использовать? Возможно, это бездонный резервуар фантазий для неизвестного сценариста, который подарит миру новый киношедевр.