Несмотря на то, что наименование «кыргыз» встречалось во многих частях тюркского мира, жители современного Кыргызстана склонны возводить свое происхождение к енисейским кыргызам, одному из древнейших тюркских народов. Впервые этот кочевой союз был упомянут в 201-м году до н.э., когда китайцы искали в степи союзников против хунну. В эпоху раннего средневековья его представителями был основан могущественный Кыргызский каганат, который стал главным гегемоном в регионе до начала 10-го века.
В начале монгольской экспансии кыргызы имели лишь незначительные владения, а потому подчинились Чингисхану без боя. Однако, в дальнейшем восстали, и их мятеж подавлял Джучи – его старший сын и основатель Золотой Орды. Тогда это племя считалось монголами одним из «лесных народов», но вскоре после своего подчинения было перемещено на юг и смешалось с рядом степных кланов иного происхождения.
Тогда киргизы были подданными Коренного Улуса, то есть, собственно Монгольской империи, которая объединила монгольские степи и Китай. В 14-м столетии они кочевали уже на северо-востоке Моголистана, т.е., в пределах Чагатайского ханства. И лишь после его дезорганизации в ходе разрушительных войн с Тамерланом переместились и укрепились на своей современной территории.
В то время их политическое положение было спорным. Поэтому с соседним Казахским ханством был заключен военный союз против общих врагов, которыми были западные монголы ойраты, основавшие тогда несколько крепких государств, а также узбекская династия Шейбанидов, создавшая Бухарское ханство.
Киргизы тогда редко избирали единого хана, но некоторые казахские правители именовали себя «ханами казахскими и киргизскими». Во время знаменитой Орбулакской битвы 1643-го года, ненадолго остановившей экспансию Джунгарии, в казахском войске был и киргизский контингент.
В начале 18-го века военные возможности Джунгарского ханства выросли. Оно перевооружило свою армию ручным огнестрельным оружием и артиллерией. Киргизы, несмотря на то, что они выставляли войско в 100 тысяч батыров, тогда были побеждены. Многие из них тогда ушли в пределы Ферганской долины, на территорию недавно возникшего Кокандского ханства, которое откололось от Бухары. Одни киргизы заняли влиятельное положение в этом государстве, другие были вынуждены подчиниться джунгарам.
В 1750-х годах Джунгария была разрушена китайской династией Цин, после чего стала ее частью. Когда внешняя угроза исчезла, распался и киргизско-казахский союз. Несколько десятилетия два народа обменивались взаимными военными походами, в которых удача была на той или другой стороне.
Южные киргизы постепенно переходили к оседлой и полуоседлой жизни, перенимали узбекские и таджикские обычаи и богатели на плодородной ферганской земле. Их ополчение составило существенную часть кокандских вооруженных сил. Тогда как северяне были, так сказать, бедными, но независимыми. Хотя, формально тоже считались подданными Коканда.
Некоторое политическое противостояние между ними облегчило русское завоевание этого государства. Народные восстания против местных правителей и русских нередко возглавляли киргизские лидеры – например, воинственный Пулат-хан. По причине сложностей в умиротворении края Россия приняла решение ликвидировать Кокандское ханство, хотя Хива и Бухара сохранились в урезанном виде.
Киргизия стала частью Туркестанского генерал-губернаторства. Сначала здесь было лишь незначительное военное присутствие, но началась русская земледельческая колонизация после строительства в конце 19-го столетия железных дорог. Перенаселенная Фергана была оставлена в покое, зато на севере киргизских земель появилось немало крестьян из западных и центральных губерний. Вскоре к ним добавились немцы.
В 1916-м году мусульманское население империи было возмущено привлечением многих мужчин на выполнение тыловых работ. Случилось восстание, которое было подавлено самым суровым способом. Противостояние белых и красных в Средней Азии только добавило проблем, а потому киргизы приняли самое деятельное участие в басмаческом движении. Впрочем, достаточно быстро из него и вышли.
В 1920-1930-е годы в регионе осуществлялась политика национального размежевания и коренизации. Путем последовательных преобразований Киргизия стала сначала автономией в составе РСФСР, а затем отдельной союзной республикой в 1936-м году.
Север с большей долей европейского населения в то время интенсивно экономически развивался. Юг был больше похож на остальную Среднюю Азию. Этот факт в дальнейшем привел к некоторому политическому и культурному противостоянию северных и южных киргизов, которое в некоторой форме сохраняется по сей день.