В конце XIX века Черноморский флот переживал период бурного развития, и с этим связано возникновение Дирекции маяков и лоций Черного и Азовского морей. Эта дирекция была ответственна за обеспечение безопасности мореплавания путем установки и обслуживания маяков, навигационных знаков и предостерегательных знаков.
В 1890 году главная база Черноморского флота была перенесена из Николаева в Севастополь, и вместе с ней переехала и Дирекция маяков и лоций Черного и Азовского морей. Севастополь получил статус военной крепости и стал закрытым для иностранных судов, что привело к необходимости перенести коммерческий порт. После длительных обсуждений было решено перевести его в Феодосию. В то же время были приняты решения о строительстве маяков на мысе Меганом и мысе Ильи под Феодосией. Однако строительство маяка на мысе Ильи было отложено из-за финансовых проблем.
Строительство маяка на мысе Меганом началось только в августе 1894 года. Сначала была проложена 6-километровая мощеная дорога, фрагменты которой сохранились до наших дней. Строительный материал для маяка добывался из отвала близлежащей горы. На краю 90-метрового обрыва было построено восьмигранное основание маячной башни, украшенное карнизом.
В верхней части башни был установлен круглый металлический барабан служебного отсека, на котором размещалось фонарное сооружение с медным куполом, вентиляционным шаром и громоотводом. Между карнизом и наружной стеной служебного отсека была построена галерея с ажурной металлической балюстрадой, а штормовые зеркальные стекла фонарного сооружения были защищены вертикальными стойками и сеткой от птиц. Таким образом, 12-метровая маячная башня сохранилась до наших дней. В полукилометре от маяка были построены жилые и служебные помещения.
15 сентября 1895 года маяк начал освещаться регулярно. Через пять лет на маяке были установлены телефон, туманный колокол и радиотелеграфная станция Черноморского флота. Для радиотелеграфистов была построена отдельная казарма, остатки которой и ржавый кусок радиомачты видны и по сей день.
В то время Меганомский маяк был оснащен передовыми светооптическими приборами, закупленными во Франции. Эти приборы обеспечивали высокую скорость и надежность изменения проблесков. Огонь на маяке был белого цвета и имел вращательный характер. Он работал в режиме мощных коротких проблесков, длительных интенсивных проблесков и трехсекундных перерывов между ними. Эта уникальная система освещения делала Меганомский маяк необычайно привлекательным и узнаваемым.
Великая Отечественная Война не прошла бесследно для маяка. Башня и строения маяка пострадали, но оптику и механизмы удалось спасти. Восстановительные работы были завершены к концу 1945 года, и Меганомский маяк возобновил свою работу. В 1959 году маячное оборудование было модернизировано, заменив керосинокалильную горелку на 500-ваттную лампу накаливания с автоматическим лампоменятелем. Ртутный механизм был заменен электрической вращательной машиной.
В 1980-х годах маяк был подключен к внешнему электропитанию, а также установлен резервный огонь с проблесковыми приборами. В 2004 году светооптический прибор был заменен на АСА-500, а в 2012 году лампа накаливания была заменена специально разработанным светодиодным модулем большой мощности. Были внесены изменения в световую характеристику огня для удобства сопряжения с системой ГЛОНАСС.
Меганомский маяк продолжает служить ориентиром и привлекает внимание своей историей и уникальностью. Он стал свидетелем многих событий и эпох, и его огонь продолжает наполнять душу таинственностью и простором.