11 июля 1963 года Севастопольская биологическая станция Указом Совета Министров УССР и Постановлением Президиума АН УССР от 25.07.1963 была преобразована в Институт Биологии Южных морей АН УССР с центром в Севастополе. В его состав как отделения вошли Одесская и Карадагская биологическая станции.
Первым директором нового морского института стал Владимир Алексеевич Водяницкий, который ранее, с 1944 года, возглавлял Севастопольскую биологическую станцию.
Уже через год после создания Института по числу научных сотрудников-гидробиологов ИНБЮМ занимал второе место в СССР (после Института океанологии Академии наук СССР). Впоследствии среди всех таких научных учреждений СССР, Южной Европы и Северной Африки ИНБЮМ выделялся значительным развитием именно экспериментальных исследований, а также наличием комплекса специальных отделов и лабораторий, отсутствующих во многих морских институтах (радиобиология, обрастания, нектон, микробиология, экологическая физиология, фотосинтез, санитарная биология, биохимия). В своих воспоминаниях В.А. Водяницкий, директор Института до 1968 года, отмечал: «В целом морскую гидробиологию на современном этапе с ее теоретическими и практическими задачами и широким масштабом исследований нужно рассматривать как новое направление в общей гидробиологии и океанологии, изучающее на больших пространствах морей и океанов массовые биологические процессы, ранее мало изученные...».
И.В. Островская