Точных данных о прошлом Куан Чи нет. Есть слухи о том, что он был демоном Они, который овладел магией настолько, что уподобился человеку-колдуну. Так как Куан может свободно путешествовать между мирами, он обрел огромную силу и много новых знаний постиг, которые сделали его не просто бойцом, а очень влиятельным колдуном. В своих странствиях, Куан Чи узнает о падшем боге Шинноке, который в попытке захвата Земного царства, проиграл и был заточен. Куан Чи отправляется в Преисподнюю, чтобы предложить Шинноку сделку. Свобода падшему Богу, в обмен на право быть главным колдуном под предводительством Шиннока (когда тот покинет заточение). Естественно Шиннок согласился и началась война против Люцефера, которая шла не один век и в результате Шиннок и Куан Чи победили. Шиннок стал новым правителем Преисподней и мертвого мира, а Куан Чи получил статус главного колдуна. Далее Шинноку требуется его амулет, чтобы выйти из Преисподней и покарать Старших Богов и Рейдена за свое поражение и заточение. Куан Чи провел века в попытке освободить хозяина не используя амулет, но все в пустую. И тут появляется Шанг-Цунг, которому нужна помощь в реализации его плана. Суть плана заключается в том, чтобы Шао Кан был в полной уверенности в своей власти над Земным царством и чтобы дать Шао Кану такую уверенность, Шанг-Цунгу нужна помощь Шиннока. Чем же может помочь Шиннок ? Тем, что возьмет душу Синдел, проклянет её злом и воскресить. Куан Чи и Шанг-Цунг заключили сделку, в результате Куан Чи узнает о существовании храма, где находится амулет. Проблемка в том, что храм охраняется элементалями и пока они живы, Куан Чи не сможет проникнуть в храм. Если не можешь проникнуть сам, найди того кто сможет и Куан Чи нашел. Колдун нанял двух бойцов - Би-Ханя и Ханзо Хасаши. Оба хороши и оба соперники, так кланы не совсем ладят друг с другом. Однако достать карту храма в шаолиньском монастыре смог Би-Хань, убив при этом на задании Ханзо. И согласно договору с кланом Линь Куэй, Куан Чи уничтожает клан Ханзо Хасаши, в том числе и его семью. Затем Куан Чи нанимает Би-Ханя еще раз, чтобы он достал амулет Шиннока из храма элементалей. Саб-Зиро справился с этой задачей и уничтожил всех элементалей, но как только последний был уничтожен, дорога для Куан Чи открылась и он спер амулет.
Куан Чи вернулся в преисподнию с амулетом, и вручил его Шинноку, правда фальшивый, а настоящий оставил себе. Немного позже по наводке Рейдена, пришел за амулетом Саб-Зиро, но колдун хотел снова надудь ледышку и предложил ему вступить в братство тени, но Саб-Зиро отказался. Куан Чи был побежден, не без помощи Сарины. Амулет был у Саб-Зиро, который отдал его Рейдену. И пока все были довольны фальшивкой, Куан Чи помогал Шинноку подготовить армию для атаки Небес и Старших Богов. После поражения Шао Кана Земному царству, Куан Чи и Шиннок взялись за исполнение своего плана. Таня (предательница из Эдении) помогла армии Шиннока проникнуть на Землю, откуда последовало вторжение на Небеса. Тут Куан Чи решил усилить свою гвардию. Колдун убедил Скорпиона, что Саб-Зиро старший участвовал в уничтожении его клана, а бонусом обещал сделать Скорпиона человеком. Разъяренный Скорпион выследил Саб-Зиро и победил его, но Саб-Зиро поклялся, что не имеет отношения к преступлению в котором его обвиняют. В этот момент появился Куан Чи, который объявил себя карателем клана Скорпиона и попытался отправить его в Преисподнюю, но Скорпион успел утащить его за собой. Шиннок лишился амулета и был сражен Рейденом и Лю Каном.
Началась охота за Куан Чи. Скорпион несколько лет настигал его в Преисподнии и подвергал пыткам, истязал и мучал его. Силы Куан Чи покидали его (амулет не помогал), а сила Скорпиона росла с каждым днем. Познакомившись с двумя демонами Они, Куан Чи попросил их помочь отбить атаки Скорпиона, а в награду Куан Чи заберет их из Преисподнии. Демоны согласились на сделку. Куан Чи привели к древнему порталу между мирами и там колдун нашел письмена где описано, как пользоваться амулетом и для чего он предназначен. И тут снова Скорпион напал на колдуна. Но тут вступились демоны, которые задержали Скорпиона и Куан Чи сбежал. Куан Чи переместился в заброшенную гробницу Короля Драконов, где обнаружил армию солдат (мумий). Сила начала потихоньку возвращаться к колдуну... Прочитав надпись на саркофаге, Куан Чи узнал, что эта армия неуязвима и может быть воскрешена и тут ему понадобится Шанг-Цунг.
Куан Чи отправился к Шанг-Цунгу и у его порога, был атакован Скорпионом. Но теперь-то Куан Чи не слабый, сила практически вернулась и он смог победить Скорпиона. Всю битву Шанг-Цунг наблюдал за этим зрелищем и по его окончании, поздравил Куан Чи с победой. Куан Чи явился с предложением создать Смертельный Альянс, но Шанг думал, что колдун победил Скорпа случайно и предложил проверить его силу еще раз. Куан Чи впечатлил Шанг-Цунга и продолжил излагать свой план. Куан Чи просил у Шанг-Цунга оживить армию, а взамен Шанг-Цунг получит доступ к неограниченному количеству душ. Куан Чи - армию, Шанг-Цунг - души. Договор был скреплен рукопожатием, Смертельный Альянс вышел в свет. Теперь нужно уничтожить двух могущественных врагов, которые угрожали планам колдунов. Император Внешнего мира Шао Кан и воин Земного царства Лю Кан. Первый был повержен, когда колдуны проникли к нему предложив свою помощь, а сами атаковали неожиданно. Свидетелем этой бойни был Кано, который переметнулся к колдунам, предложив свои услуги. После смерти Шао Кана, колдуны отправились к тайному порталу, ведущему в Земное царство. Чтобы им воспользоваться, Куан Чи должен был победить своего самого страшного врага... И бился он сам с собой. Победив своего двойника, колдуны переместились на Землю. Шанг-Цунг перевоплотившись в Кунг Лао смог подобраться к Лю Кану. Внезапно атаковав земного чемпиона, Шанг- Цунг не ожидал, что Лю Кан успешно отразит его атаку и будет готов к драке на равных, но тут вмешался Куан Чи и выстрелил в Лю Кана огненным шаром со спины, а потом Шанг-Цунг свернул чемпиону шею. Душа Лю Кана отныне принадлежит Шанг-Цунгу. Затем колдуны вернулись во Внешний мир и дали приказ Кано, захватить деревню и пусть её жители построят дворец вокруг портала на Небеса. Но не все жители захотели подчиниться и Ли Мей (одна из них) напала на Кано. Колдуны предложили ей за храбрость, участие в турнире и в случае победы - свобода для её народа. Так же колдуны связались с Мавадо (головорез Красного дракона - злейший враг Черного дракона) и предложили ему возможность сразиться с Кано, если Мавадо уничтожит Кенши, который все это время шпионил за колдунами. Мавадо победил и чуть не убил Кенши, на что заслужил право битвы с Кано. Мавадо победил Кано, и вместо смерти, пленил его. В это же время Ли Мей побеждает в турнире, но награды она не получает, колдуны лишь ублажали её уши, чтобы пересадить её душу в одного из солдат Короля драконов. Но тут появляется Бо'Рай Чо и спасает её.
Спустя немного времени, на дворец Смертельного Альянса нападает отряд земных воинов, состоящих из Рейдена, Джонни Кейджа, Сони, Джакса, Кунг Лао и Китаны, но все они пали от рук таркатанов и колдунов. Китана одна из последних кто выжил, но с ней сразился Куан Чи и убил её. Рейден выжил, но в попытках сразиться с колдунами в одиночку, он потерпел поражение. Врагов у Смертельного Альянса не осталось и колдуны напали друг на друга в попытках присвоить амулет Шиннока. Куан Чи победил. Но воскрешенный Король Драконов - Онага, решил забрать себе амулет Шиннока. Куан Чи, Шанг-Цунг и Рейден втроем напали на Онагу, но увы, не смогли даже поцарапать его. В конечном итоге Рейден выпустил всю божественную силу, которая уничтожила всю армию Короля Драконов, но его самого не повредило. Куан Чи смылся за несколько секунд до взрыва, а Онага забрал Амулет.
Следующий кусок истории меня ввел в заблуждение, возможно есть те кто поможет распутать этот клубок.
Спустя 2 года после событий выше Куан Чи снова объединяется с Шинноком, и снова становится его марионеткой. Он узнает о пирамиде Аргуса от одного из воинов Красного дракона. Затем Куан Чи предлагает Шанг-Цунгу, Шао Кану (он же мертв, каким образом это происходит ?) и Онаге заключить союз между величайшими воинами Тьмы, чтобы не дать силам Света победить Блейза. Хотя на самом деле Куан Чи притворяет план Шиннока, но план нарушается когда Шао Кан убивает Блейза и всех своих врагов, включая Куан Чи.