Вопрос об университете для Ливонии выдвинулся на очередь лишь в царствование Павла Петровича и совсем не потому, чтобы Император вспомнил о бывших когда-то в Ливонии шведских университетах, а в силу соображений, явившихся непосредственным следствием строгих мероприятий, какие были сделаны в 1797 и 1798 годах против распространения в России антирелигиозных и антимонархических учений, шедших из Франции и волновавших всю среднюю Европу.
Ряд таких мероприятий начался с указа 16-го февраля 1797 (№17811), коим повелевалось "быть цензуре книг только в Петербурге, Москве и Риге, а типографиям быть только при присутственных местах"; затем, но уже в 1798 году следовали указы, один другого строже и суровее:
- 9-го апреля (№ 18474) воспрещалось отправлять молодых людей в иностранные училища;
- 17-го мая (№ 18524) повелевалось пропускать из-за границы газеты и книги только такие, кои разрешены к пропуску цензурой;
- 4-го июня (№ 18544) не пускать на жительство в Россию шведских подданных;
- 6-го июня (№ 18545) воспрещалось выдавать кому бы то ни было заграничные паспорта без предварительного разрешения на то его величества;
- 6-го июня (№ 18546) закрывались границы для проезда в Швецию;
- 17-го июня повелевалось (№ 18553) всем русским подданным, учащимся к чужих краях, возвратиться в Россию в течение двух месяцев, под угрозой отобрания имений в казну;
- 22-го июня (№18559) разрешалось всем желающим выехать за границу давать паспорта, но не иначе как, объявляя отъезжающим, что они обратно в Россию впущены не будут;
- наконец, указом от 28-го июня (№ 18564) объявлялось, когда, в каких случаях и при соблюдении каких формальностей можно пропускать в Россию иностранцев для торговли.
Все эти указы исполнялись без всяких послаблений. Европейские границы России для доступа иноземцев, кроме торговых людей, решительно закрывались.
Воспретив отправлять из России молодых людей в иностранные училища "по причине", как сказано в указе от 9-го апреля 1798 года, "возникших в тех училищах зловредных правил к воспалению незрелых умов, на необузданные и развратные умствования подстрекающих", закрыв границу для доступа иностранцев в Россию, император Павел не мог не видеть, что три ливонские губернии наиболее пострадают вследствие состоявшихся воспрещений; потому что и в самом деле откуда было брать для этих губерний ученых пасторов, учителей для училищ, домашних наставников, где было получать высшее образована молодежи, если университета не было?
Устранить эти важные неудобства можно было единственно учреждением университета, и потому в указе от 9-го апреля, воспрещавшем отправление русской молодежи в "иностранные воспиталища", было прибавлено: "Но дабы не ограничить тем способов к образованию и просвещению, в особенности благородному юношеству лифлянскому, эстляндскому и курляндскому, и тем наипаче воздействовать к общему и частному благу, всемилостивейший Государь Император соизволил оказать высокомонаршую волю, чтоб рыцарства Курляндское, Эстляндское и Лифляндское, по собственному их согласию, избрали приличнейшее для учреждения университета место, и на основании желаемой пользе соответственном устроили оный".
Сенат, по выслушании этого указа, объявленного генерал-прокурором (здесь Петр Васильевич Лопухин), предписал губернским правлениям в Риге, Митаве и Ревеле оповестить дворян, дабы они съехались и составили, как возможно скорее, проект учреждения университета.
В ноябре 1798 г. проект был представлен Сенату. Генерал-прокурор князь Лопухин 30-го ноября заявил Сенату, что Государь Император высочайше повелевает, дабы Сенат рассмотрел разные начертания относительно учреждения протестантского университета в России, проект Шуберта и проект ливонских дворян и, сделав определение, вошел с докладом.
Сенат нашел, что "план ливонских депутатов более основателен, чем другие, но требует, однако же, некоторых изъятий и дополнений".
Сделав эти перемены, Сенат представший проект на высочайшее утверждение, причем донес, что хотя курляндское дворянство и назначает местом университета Митаву, но выгоднее и удобнее открыть университет не в Митаве, а в Дерпте; потому что "Дерпт находится в средине трех губерний, не окружен болотами, употребляет русскую монету и ассигнации, и жизненные припасы в нем дешевле, чем в Митаве, а это для недостаточных родителей весьма важно".
На содержании университета исчислено в год 56050 рублей (15133500000?). Сенат находил, что вносить эту сумму трем дворянским обществам будет "трудновато", потому необходимо воспособление от казны; воспособление же может быть сделано "отводом казенной земли и дома в Дерпте для университета с обращением в пользу университета дохода с 100 гаков земли (1 гак=8-12 га).
Государь (Павел Петрович) 4-го мая 1799 года утвердил доклад Сената о протестантском университете, причем высочайше повелел отвести под университет в Дерпте казенную землю и дом; когда же университет откроется, то избрать 100 гаков казенной земли и предоставить с императорского разрешения избранные гаки и имения в пользование университету.
Оставалось, таким образом, приводить в исполнение проект; но осуществление его никак не могло быть произведено с той быстротой, с какою он составлялся. Прошли 1799 и 1800 годы, а университет все не открывался: нужно было все устроить и приспособить, сформировать управление и пригласить профессоров, а последнее было в особенности трудно, так как Император никак не желал, чтобы университетские кафедры были занимаемы иностранцами, а требовал, чтобы профессорами были свои ученые лифляндцы.
Курляндское дворянство со своей стороны не прекращало ходатайств о Митаве и наконец добилось таки, что Государь (Павел Петрович) 25-го декабря 1800 года высочайше повелел ( № 19700): "Быть университету не в Дерпте, а в Митаве, со всеми прежде пожалованными ему выгодами, обратив в университет существующую в Митаве академическую гимназию с состоящими при оной строениями, библиотекой и прочими принадлежностями".
Указ этот, за смертью Павла (март 1801 года), не был приведен в исполнение. Император Александр Павлович 12-го апреля 1801 года назначил окончательно "новоучреждаемому" университету место в Дерпте.
Торжественное открытие университета в Дерпте, учреждённого по уставу 4-го мая 1799 года, происходило 21-го и 22-го апреля 1802 года. В этот год, 22-го мая, Государь Император проездом в Мемель и Берлин был в Дерпте и посетил университет.
8-го сентября 1802 года учреждено министерство народного просвещения с назначением министром графа Петра Васильевича Завадовского. Так как новоучрежденному министерству был предоставлен главный надзор и руководство над всеми учебными заведениями в России, в уставе же (плане) нового университета о подчинении и отношениях университета к министерству не упоминалось вовсе: потому университетская ученая корпорация (профессора всех факультетов) уполномочила проректора, профессора физики Георга Фридриха Паррота, отправиться в Петербург для представления министру и ближайшие определения отношений университета к министерству.
Паррот, лично известный Императору (здесь Александру Павловичу), имел счастье представляться Его Величеству и затем 12-го декабря 1802 года, в день тезоименитства Государя, удостоился получить из рук его учредительную для Дерптского университета грамоту, которой университет не имел до того времени.
Со дня подписания учредительной (фундационной) грамоты, т.е. с 12-го декабря 1802 года, Дерптский университет и ведет начало своего существования и ежегодно в этот день празднует годовщину своего основания (был закрыт в 1917 году). Грамоту эту Паррот передал университету, по возвращении в Дерпт, 23-го декабря.
Вскоре после того, 24 января 1803 года, учрежден Дерптский учебный округ с назначением генерал-майора Клингера (Федор Иванович) попечителем оного. Университетский устав 4 мая 1799 года уже 5 января 1802 г. потерпел некоторые изменения, не имевшие, однако, высочайшего утверждения.
С изданием учредительной грамоты явилась необходимость полного пересмотра устава и составления устава вновь. Устав был составлен из 290 статей особой университетской комиссией, состоявшей из ректора Паррота и по одному профессору с каждого факультета, был высочайше утвержден 12 сентября 1803 года, вступил в силу с 21 сентября 1803 года и действовал по 4 июня 1820 года.
На основании этого нового устава в 1803 г. учредились правление университета, имевшее первое свое заседание 15 октября, и университетский суд. Правила для студентов были высочайше утверждены 23 августа 1803 года.
Студенты университета подчинялись исключительно и единственно университетскому совету и университетскому суду; они были изъяты из ведомства административных, судебных и полицейских губернских и уездных властей и составили собой таким образом в Дерпте род особой корпорации, "знать не хотевшей никакой над собой власти, кроме университетской".
В 1804 году в Дерпте произошел студенческий бунт.