В рядах РККА с 1919 года. В начале Гражданской войны командует взводом. Участвует в боях с войсками генерала Антонова. По завершении войны командовал взводом, батареей, батальоном.
В 1937 году занимается формированием 144-й стрелковой дивизии, которая впоследствии участвует в советско-финской войне. С 1940 года генерал-майор.
В 29 –м году заканчивает курсы «Выстрел», после которых командует полком 1-й Московской Пролетарской дивизии.
Начало Великой Отечественной войны Пронин начал командиром все той же 144 стрелковой дивизии, ведущей бои в Витебской области. Позже, в октябре 41-го дивизия попала в окружение на Западных подступах к Москве, и оставив Рузу была вынуждена с тяжелыми боями отступить к Москва реке. После отступления, фактически не успев переформироваться, дивизия вступила в бои за Звенигород. Бойцам Пронина предстояло остановить наступление трех дивизий вермахта (252-я, 78-я, 87-я), входящих в состав 9-го армейского корпуса 4-й танковой группы. В результате дивизия Пронина выполнила поставленную задачу.
Во время общего контрнаступления войск западного фронта, 144-я дивизия снова вела наступление на Рузу. В последствии дивизия участвовала в освобождении всего Звенигородского района.
В 1942-1943 годах дивизия вела бои в районе города Старая Русса, Ближе к концу 43-го, в боях за Невель Пронин получает контузию и был вынужден убыть в госпиталь. В мае 44-го оканчивает курсы усовершенствования командного состава при академии Генерального штаба. После окончания Академии возвращается в дивизию.
В ходе операции «Багратион» 144-я дивизия в составе 3-го Белорусского фронта ведет наступление на город Сморгонь Гродненской области. При помощи партизан бойцам дивизии удалось обмануть немецкие подразделения, и имитировав окружение, выбить противника из города. После этого дивизия перешла в наступление на Вильнюс, который был освобожден 8 июля 1944 года.
Вскоре, в одном из боев, который проходил на территории Литвы, Пронин получает ранение, после которого он уже не вернулся в свою 144-ю дивизию. В это период он назначается командиром 13-й гвардейской ордена Ленина Краснознаменной стрелковой дивизией, ведущей бои на территории Восточной Пруссии.
В начале апреля 1945 года дивизия порывает внешний пояс Кёнигсбергского укрепленного района, а затем после соединения с войсками 43-й армии. Тем самым отрезав пути отхода для немецкой группировки. После этого дивизия под командованием Пронина участвует в штурме Пиллау (ныне Балтийск)
С июля 1945 года комендант Кёнигсберга.
После окончательного завершения войны генерал-майор Пронин М.А. командует 36-м гвардейским стрелковым корпусом в Особом военном округе на территории Восточной Пруссии.
С мая 46-го командующий 5-й гвардейской стрелковой дивизией.
В отставке с 1949 года. Скончался генерал-майор 26 ноября 1978 года в Москве. Похоронен на Химкинском кладбище.