В 11-м веке по причине длительных междоусобиц в Средней Азии распался огузский племенной союз. Его бывшие участники, известные под именем сельджуков, атаковали Иран и в скором времени с боями дошли до Средиземного моря. На осколках сельджукского государства возникло два центра силы. На территории каждого из них в дальнейшем сформировались турки и азербайджанцы путем слияния коренного населения и тюркских военных элит.
Несмотря на то, что азербайджанский народ сложился на западе Иранского нагорья, те или иные тюркские династии Персии правили землями вплоть до Средней Азии. Ко всему прочему, историческая область Азербайджан находилась на пересечении дорог из Восточной Европы в исламский мир, а потому ее жители активно занимались торговлей. Даже после феодализации сельджукского государства они были частыми гостями на берегах Амударьи и Сырдарьи.
В эпоху Тамерлана в Самарканд были насильно уведены многие оружейники, архитекторы и другие ремесленники из павших перед его армией городов Азербайджана. Зодчий Мухаммед Юсуф Тебризи участвовал в строительстве мечети Биби-ханым и дворца Ак-сарай в городе Кеш, малой родине эмира Тимура. Его имя было высечено на одной из стен.
После основания империи Сефевидов в начале 16-го столетия ее правители были вынуждены размещать на востоке своих владений значительные контингенты воинов-кызылбашей – так тогда называли азербайджанцев. Обычно их селили в окрестностях Мерва, в Афганистане и на севере Хорасана, поскольку в Мавераннахре в то же самое время возникли могущественные узбекские ханства.
Несмотря на вражду между двумя соседними державами, в Бухаре в 16-м веке жил азербайджанский писатель Мирзаджан Ширази, а в следующем столетии – философ Юсиф Карабаги. Впоследствии азербайджанское присутствие в регионе было усилено. В Кабуле, Кандагаре, Герате и некоторых других городах были поселены тюрки-афшары – соплеменники иранского правителя Надир-шаха. Их потомки по сей день живут в Афганистане и даже упомянуты в гимне этой страны.
Впоследствии азербайджанцы не менее часто появляются в Средней Азии по торговым и иным делам. Они неплохо разбираются в здешней географии и политических раскладах. В 1713-м году в Москву прибыл Ходжа Нефес, тюрок из Персии, который убедил русского царя отправить войска для покорения Хивинского ханства.
Во времена Российской империи в Туркестане служит много офицеров-азербайджанцев. Появляются и гражданские специалисты, которые занимаются экономическим развитием края. Особенно много их стало после строительства железной дороги, которая в 1888-м году достигла Самарканда, а через десять лет была проведена до Ташкента и Андижана.
Азербайджанская литература и музыка начинает влиять на культуру среднеазиатских мусульман. В 1906-м году Саид Рза Ализаде и Мирза Мухаммад Ахунзаде открывают в Самарканде новую школу. Мирза Джалал Юсиф-заде в то же самое время издает в Бухаре газету. В крупных городах с успехом гастролируют азербайджанские театры, на узбекский язык переводятся пьесы и оперы композитора Узеира Гаджибекова.
После революции в советском правительстве Туркестана создается целый Азербайджанский отдел – значит, его деятельность была актуальна. Здесь уже довольно много азербайджанской интеллигенции, растет число смешанных браков. Например, Зиба Ганиева, известный снайпер Великой отечественной войны, была по отцу азербайджанка, а по матери – узбечка.
После войны азербайджанские специалисты участвуют в промышленном развитии Средней Азии. Их численность сильно прирастает после землетрясений в Ашхабаде в 1948-м и в Ташкенте в 1966-м году, когда разрушенные города восстанавливали всей советской страной. В последние десятилетия жизни СССР азербайджанцы занимаются разработкой казахских и туркменских нефтяных и газовых объектов.
В это время в каждой из стран складываются многотысячные азербайджанские общины. Большинство неместного населения покинуло Таджикистан в годы гражданской войны, которая последовала за провозглашением независимости. Однако, в Казахстане азербайджанцы являются десятым по численности народом страны, сейчас их примерно 100 тысяч. В Узбекистане их около 35-ти тысяч, в Киргизии – 18 тысяч человек. Насчет закрытой Туркмении ничего не известно, но там было свыше 33 тысяч представителей этого народа перед распадом СССР.