Южная часть собора интересна прежде всего мраморным участком пола, который называют Омфалос, что значит «пуп». Он находится в юго-восточной части главного нефа в центре одного из четырех квадратов под куполом, что говорит о том, что его расположение не случайно.
Он представляет собой квадрат со сторонами 5 метров 64 сантиметра. В центре квадрата выложен большой мраморный круг, вокруг которого положены 28 кругов из порфира и зеленого мрамора. Эти круги разного размера.
В каждом углу квадрата расположены по 4 круга одинакового размера. Между угловыми кругами находятся по 2 круга меньшего размера, а между ними -16 кругов еще меньше по размеру. 3 круга расположены в южной части квадрата и связаны с четырьмя большими кругами в этой части Омфала.
Особенностью Омфала является то, что все круги изготовлены из блестящего мрамора разного вида и цвета. Хотя цвета некоторых кругов совпадают.
В Святой Софии для отделки интерьеров материалы выбирались таким образом, чтобы удерживать и отражать свет. В мозаиках тессеры были разных цветов. Их ориентировали так, чтобы они отражали свет, льющийся из окон массивного купола.
Цвет играл важную роль. Эффект естественного света, проникающего через окна, окружающие основание купола и попадающего на тессеры, внушал благоговейный трепет.
Одна из версий гласит, что большой круг Омфала символизирует солнце, вокруг которого вращаются планеты Солнечной системы.
По другой версии в Омфале зашифрованы гностическими символами слова «Христос. София». Но и эта версия не доказана.
Омфал храма Святой Софии асимметричен в отличие от Омфала в Хосиос Лукас в Греции. Это еще одна из его странностей.
Назначение Омфала до сих пор не установлено. Есть предположение, что в центре его, на большом круге, стоял императорский трон и во время коронации каждый из участников церемонии мог выбрать цвет мрамора, из которого будет изготовлен его саркофаг.
Антоний Новгородец пишет: “У олтаря на правой стране есть мрамор багрян, и ту поставляют престол злат. И по странам того места есть место ограждено медию, да человеци не вступают, но то место целуют народы”.
Справа от алтаря на полу находится круг из порфира, но он чересчур мал, чтобы на нем мог поместиться трон.
На этом порфировом круге устанавливали крест Константина, который несли перед шествующим в собор императором. Есть версия, что трон стоял в юго-восточной экседре, справа, у самой стены.
Однако, у западной грани юго-восточного опорного столба на полу видны следы квадрата со сторонами 80 сантиметров. Может быть, именно эти следы остались от императорского трона. Как видим, не ясно, где именно стоял императорский трон.
Историк Сильвия Педоне не говорит о точной дате создания Омфала, но утверждает, что он в византийское время выглядел иначе, чем сейчас. Возможно несколько меньших кругов были добавлены во время реконструкции в IX веке. Это объясняет асимметрию.
Дата создания Омфала в Святой Софии все время менялась. Некоторые называли время создания Омфала при Юстиниане, другие предполагали, что Омфал был создан во время правления Василия I (867-886), обосновывая свою версию расположением Омфала внутри собора Айя-София.
По мнению некоторых историков Омфал в соборе Айя-София появился не ранее XIV века.
С южной стороны от алтаря в восточной стене храма видны две, ныне запертые, двери. Левая ведет в сводчатое помещение размером 7,9 на 5,5 м, где теперь устроен склад, но стены по-прежнему отделаны мрамором с крестами. Видимо, здесь начинался уничтоженный “проход Св. Николая”.
Правая дверь называлась “Дверью Бедных” — раньше она соединяла храм с часовней, где находился Святой колодец, возле которого якобы произошла встреча Христа с самаритянкой.
Большая часть этой часовни теперь заменена минаретом, однако сам колодец, описания которого оставлены множеством паломников, уцелел, хотя сейчас к нему нет допуска. Именно здесь император во время официальных торжеств покидал храм, поднимаясь на второй этаж по лестнице, которая до нашего времени не уцелела. Согласно “Книге церемоний”, патриарх провожал его “до двери, ведущей в Св. колодец”. На пороге император брал из рук препозита кошельки с деньгами и вручал их нескольким клирикам Церкви, при этом другой чиновник выкликал: “Такому-то — от добрых владык!”