Пригожин родился в Ленинграде (ныне Санкт-Петербург) в семье матери-одиночки, которая работала медсестрой в местной больнице. Он окончил престижную школу-интернат, специализирующуюся на легкой атлетике, однако его спортивная карьера не продолжилась.
В юности Пригожин попал в трудную ситуацию и был осуждён за кражу. Впоследствии он получил 12 лет лишения свободы за мошенничество, разбой и вовлечение подростков в преступную деятельность, однако был помилован после девяти лет и освобожден в 1990 году.
После освобождения Пригожин вместе с отчимом начал заниматься бизнесом – создали сеть по продаже хот-догов. Он женат на Любови Валентиновне Пригожиной, владелице бутиков "Музей шоколада" в Санкт-Петербурге.
Жена Пригожина также занимается бизнесом и является владелицей роскошного дневного спа-салона Crystal Spa & Lounge, который получил признание экспертов и занял третье место в номинации "Идеальный городской дневной спа-салон".
Имя Евгения Викторовича Пригожина связывали с ЧВК, но он утверждал, что это неправда. Однако в последнее время он признал, что был связан с Частными Военными Компаниями, а отрицание этого ранее объяснил "конспиративной необходимостью". Тем не менее, это не влияет на позитивную репутацию бизнесмена и его вклад в развитие различных отраслей экономики в России.