В 1997 году на трассы чемпионата FIA GT вышел гоночный автомобиль Mercedes-Benz CLK GTR. Чтобы соответствовать требованиям категории GT1 производителю было необходимо выпустить хотя бы минимальную партию аналогичных машин в «гражданской» модификации.
Сборка первых купе для заказчиков, готовых заплатить примерно 1,5 миллиона долларов, началась в начале 1998 года. Мелкосерийный CLK GTR по конструкции был практически идентичен гоночной машине: кузов из композитных материалов, расположенный в пределах колесной базы мотор, задний привод. От обычного купе CLK были заимствованы только фары, решетка радиатора и панель приборов. Двенадцатицилиндровый двигатель объемом 6,9 литра развивал 612 л. с. (у гоночной версии был шестилитровый мотор мощностью около 600 сил). Благодаря такому силовому агрегату, Mercedes-Benz CLK GTR разгонялся до «сотни» за 3,8 секунды, а его максимальная скорость составляла 320 км/ч.
После выпуска 20 купе на фабрике Mercedes-AMG началась сборка шести родстеров, причем две машины оснастили еще более мощным мотором — 7,3-литровым V12, развивающим 664 л. с. Таким образом, всего до 1999 года было сделано 26 купе и родстеров Mercedes-Benz CLK AMG. Все они имели «левый» руль, за исключением двух праворульных машин, построенных специально для султана Брунея.
Следуя тем же идеям, которые компания Porsche применила при разработке и омологации 911 серии, компания Mercedes-Benz поставила перед подразделением AMG задачу создать экстремальный гоночный автомобиль, который бы сохранял некоторые элементы классического автомобиля, предназначенного для езды в городе. В результате конструкторы Mercedes-AMG создали модель, которая позаимствовала некоторые элементы дизайна у CLK-класса[7], однако имела характеристики гоночного автомобиля. В качестве силового агрегата был установлен V-образный 12-цилиндровый двигатель Mercedes-Benz M120. Кузов выполнили полностью из углеродного волокна[15][16][17], дополнив его большим числом элементом аэродинамического дизайна и охлаждающими отверстиями.
Для тестирования автомобиля ещё до того, как шасси будет завершено, Mercedes-AMG пошли на необычную меру. В условиях строгой секретности компания выкупила заброшенный McLaren F1 GTR (чемпиона серии BPR GT), и применила к нему свои наработки, в том числе заменила двигатель BMW на собственный 6-литровый LS600[18]. Это позволило компании протестировать и усовершенствовать аэродинамику автомобиля ещё до того, как он был сконструирован.
Гигантский 612-сильный V12[6] двигатель рабочим объёмом 6,9 литра позволял CLK GTR набирать максимальную скорость в 330 км/ч и ускоряться до 100 км/ч менее чем за 3,8 секунды[1]. С двигателем была интегрирована 6-ступенчатая секвентальная механическая коробка передач[19], которая управлялась подрулевыми лепестками[1]. Шасси почти как у болида «Формулы-1»: керамические тормоза и независимая подвеска на двойных поперечных рычагах, которая передаёт усилия на амортизаторы и пружины через специальную систему коромысел.
По завершении разработки компания выпустила автомобиль для участия в сезоне FIA GT 1997 года. Дебют модели состоялся на гоночной трассе Хоккенхаймринг 13 апреля[20]. Тогда, вопреки ожиданиям, выявились первые проблемы, связанные с тормозной системой. Тем не менее, в следующем раунде в Сильверстоуне CLK GTR впервые продемонстрировал себя, отстав от McLaren всего на 1 секунду. Четвёртый раунд проходил в Нюрбургринге, Германия. В этой гонке Mercedes-Benz успешно превзошёл команду McLaren, взяв первое и второе места. Команда закончила сезон с пятью дополнительными победами. Суммарный успех автомобиля оказался колоссальным: одержав 6 побед в 11 заездах,[14] команда Mercedes-Benz продоминировала в гонках. Победителем чемпионата тогда стал Бернд Шнайдер[21]. Через год автогонщик снова одержал победу и стал вице-чемпионом 1998 года.
В течение двух раундов чемпионата 1998 года Mercedes-Benz использовала CLK GTR. Позднее на смену ему пришла модификация CLK LM.