В программе 1С:Бухгалтерия 8 начиная с версии 3.0.138 добавлена возможность оформить и подать заявление о прекращении деятельности в качестве индивидуального предпринимателя.
Автоматически формируется список задач по сдаче последней отчетности и платежам налогов и взносов, после указания даты закрытия ИП.
Главное - Настройки - Внесение изменений в ЕГРЮЛ, ЕГРИП
Укажите для Заявления о прекращении деятельности в качестве индивидуального предпринимателя состояние "Сдано", если его подали не через 1С-Отчетность. Для этого перейдите по меню:
Отчеты - 1С-Отчетность - Уведомления, сообщения и заявления