Микробные сообщества, населяющие верхние дыхательные пути, являются ключевыми факторами, определяющими здоровье органов дыхания. Микробиота может быть легко нарушена множеством факторов окружающей среды, таких как острые респираторные инфекции, вызванные распространенными респираторными вирусами. В свою очередь, манипуляции с кишечным микробиомом с целью изменения оси кишечник-легкие потенциально могут защитить людей от респираторных инфекций. Это часто описывается как общая иммунологическая система слизистой оболочки. Короткоцепочечные жирные кислоты - продукт ферментации неперевариваемых углеводов и аминокислот кишечными бактериями - по-видимому, являются ключевой группой метаболитов, связывающих кишечный микробиом с этими измененными иммунными реакциями. Появляется все больше доказательств, подтверждающих концепцию о том, что бактерии-комменсалы кишечника (включая те, которые обычно входят в состав пробиотиков) способны подавлять вирусы, попадающие к хозяину через верхние дыхательн