В 1365 миссионер принимает монашество в городе Ростове, где учился Епифаний Премудрый. Приходил из своей обители в родной Ростов и Сергий Радонежский. пребывания в Затворе, дали Стефану следующее : серьезное образование, нравственное усовершенствование. Неоднократно Епифаний упоминает, что Стефан много читал и изучил святые книги, все время вдумывался в священные тексты, по ночам, вплоть до утра, пытался наиболее глубоко понять их смысл. Вскоре он изучил и греческий язык, и читал имеющиеся в обители книги на этом языке. Тем самым, Стефан становился одним из немногих в древней Руси человеком, говорящим и писавшим на греческом языке.
Главным его достижением, было то, что он составил письменность для зырян . Все его мысли были направлены о том, чтобы отправится на зырянскую землю, нести туда слово Христово. Именно в этом монастыре он начинает свое служение церкви, и поэтому монастырь становится тем основанием, на котором возрастет в дальнейшем Стефан Пермский, как просветитель зырянского народа. По указу Митяя, заведовавшего делами митрополии, Стефан был возведен в сан иеромонаха Коломенским епископом Герасимом, так как Митяй был в отъезде. Стефан получил благословение от того же епископа Герасима, заведовавшего тогда делами митрополии, на проповедь учения Христова в средневековой-вычегодских зырян.
В 1379 г Стефан отправился через Ростов и через Устюг к зырянам. Проповедовать он начал в Котласе (тогда Пырас)- устье реки Вычегда, здесь он крестил зырян и построил небольшую церковь, затем отправился крестить народ вверх по Вычегде, ставя везде кресты и часовни, и в 1380 году дошёл до Усть-Выма, где и просвещал народ Коми 4 года. Там он воздвиг церковь Благовещения Богородицы и кельи . Вскоре его труды начали приносить плоды, зыряне начали принимать христианство, и слухи о миссионерской деятельности Стефана Пермского разлетелись по все территории Коми края.
Стефан при всяком удобном случае знакомил всех крещенных со священной историей от сотворения мира до распятия. Он учил их грамоте, составленной им, а также читал с ними Часослов, Псалтырь, Осмогласие. Миссионер уничтожал кумирницы, воздвигал церкви, а также школу взаимного обучения. Так в Коми крае «зажигался очаг христианской культуры» . Чтобы закрепить полученные результаты, а так же для увеличения зырян - христиан - начались поиски епископа , который бы построил необходимый новый храм, а также обучал священнослужителей.
В связи с чем, просветитель с этой проблемой, зимой с 1382 на 1383г, отправился в столицу. Епифаний писал, что Стефан «не добивался владычества». А очень кратко написал о результате деяний Стефана в Московском вняжестве: «паче дела поделье внезапу обрете». Митрополит с великим князем Дмитрием решили, что на эту роль лучше Стефана, знающего уже Коми край, а также их язык - никто не подходит. Так Стефан Пермский стал епископом в Перми.
Возвратившись в Вычегодский край в 1384 , он построил много монастырей и церквей. Центром епископии Стефан сделал Усть-Вымь, кафедральным собором — церковь Благовещения. Деятельность Святителя по распространению и укреплению христианства на территории Перми Вычегодской продолжалась еще почти тринадцать лет: готовились ученики Стефана и возводились новые храмы...