25 июня 1941 г., уже на третий день начавшейся Великой Отечественной войны, Советом Народных Комиссаров в целях «охраны войсковых тылов и наведении там строжайшего порядка» было принято чрезвычайно важное решение об организации института фронтовых и армейских начальников охраны войскового тыла. На них возлагались обязанности «наведения порядка в войсковом тылу, очищение тыловых дорог от беженцев, ловля дезертиров, очистка путей сообщения, регулирование подвоза и эвакуации, обеспечение бесперебойной работы связи и ликвидации диверсантов».
Война с её перемещением с запада на восток огромных людских масс и срочно эвакуируемых предприятий, с поднявшими голову мародёрами и уголовниками, с бессчетно засылаемыми в тыл Советской армии лазутчиками и диверсантами потребовала от военно-политического руководства государства немедленных и решительных мер. Понятие «войска охраны тыла» просуществует всю Великую Отечественную войну.
Для реализации правительственного постановления генерал-лейтенантом И.И. Масленниковым были созданы управления войск по охране тыла пяти действующих фронтов и одной Особой группы.
В их оперативное подчинение были переданы все находившиеся на территории Карело-Финской, Эстонской, Латвийской, Литовской, Белорусской, Украинской и Молдавской ССР, Мурманской, Ленинградской, Калининской, Смоленской и Одесской областей воинские части всех видов войск НКВД, а также истребительные батальоны и подразделения милиции.
В распоряжение начальников войск охраны тыла фронтов выделялись следующие силы: для Северного фронта (генерал-лейтенант Г.А. Степанов) – 14 пограничных отрядов, дивизия, резервный пограничный полк, и 2 пограничных батальона, 3 дивизии и бригада внутренних войск общей численностью более 50 тыс. человек; для Северо-Западного фронта (генерал-майор К.И. Ракутин) – 3 пограничных отряда, дивизия, полк и 2 батальона внутренних войск общей численностью 10 тыс. человек; для Западного фронта (генерал-лейтенант Г.Г. Соколов) – 2 пограничных отряда, резервный пограничный полк, бригада и 5 полков внутренних войск общей численностью почти 20 тыс. человек; для Юго-Западного фронта (генерал-майор В.А. Хоменко) – 9 пограничных отрядов, резервный пограничный полк, 3 дивизии, 2 бригады, 4 полка и 2 отдельных батальона внутренних войск численностью 60 тыс. человек; для Южного фронта (генерал-майор Н.П. Никольский) – 5 пограничных отрядов, резервный пограничный полк, 2 полка и батальон внутренних войск обще численностью свыше 12 тыс. человек; для Особой группы (генерал-майор И.С. Любый) – 3 пограничных отряда, 3 полка и батальон внутренних войск численностью чуть менее 10 тыс. человек.
Действовавшие под единым командованием пограничники и воины внутренних войск (численность частей и соединений, выделенных для охраны тыла фронтов из внутренних войск составляла 63%) немедленно приступили к выполнению возложенных на них задач. Это благодаря их боевой работе, которая мало того, что проводилась порой в нескольких метрах от передовой и была ничуть не легче, чем на фронте, были выявлены, задержаны и уничтожены тысячи диверсантов, шпионов, осевших в тылу разнообразных пособников гитлеровцев, предателей, дезертиров и уголовников. Всех тех, кто мог бы ударить Советской армии в спину, но вовремя был обезврежен непреклонными, неподкупными и никогда не утрачивающими бдительности воинами-чекистами.