Согласно легендам, ниндзя были отважные, тренированные люди, прошедшие ещё с детства подготовку в очень сложном искусстве ниндзюцу, которое включало в себя очень много умений. Ниндзя должен был прежде всего добывать нужную информацию, а также владеть любым предметом, как оружием (основа — обучение владению оружием и принцип подобия использования), обороняться от любого оружия (в том числе и голыми руками), внезапно появляться и незаметно скрываться, знать местную медицину, траволечение и иглоукалывание. Они могли долго находиться под водой, дыша через соломинку, лазать по скалам, ориентироваться на местности, тренировать слух, зрительную память, лучше видеть в темноте, обладать тонким обонянием и многое другое.
Инициация проводилась, как и в самурайских семьях, в 15 лет. Тогда юноши и девушки переходили к изучению дзэн-буддизма и сянь-даосизма. Есть предположение, что своим происхождением ниндзя связаны с ямабуси.
Политически ниндзя были вне системы феодальных отношений, они имели свою структуру. Более того — они были «хинин» — вне структуры общества, не имели своего признанного места в нём, а могли занимать любое, хотя своё место было даже у крестьянина, торговца. Древние ниндзя были разбросаны по всей стране, но основное средоточие их — лесные окрестности Киото и горные районы Ига и Кока. Иногда кланы ниндзя пополнялись самураями, потерявшими своих покровителей (так называемыми ронинами). Само применение термина «клан» неверно, поскольку он предполагает обязательное существование родственных уз, что было далеко не всегда. К XVII в. насчитывалось 70 кланов ниндзя. Самыми могущественными были школы Ига-рю и Кока-рю. Формирование сословия ниндзя шло параллельно со становлением сословия самураев, но так как последние в силу своей власти стали господствующим классом, то ниндзя заняли место разветвлённой шпионской сети. Более того — «нин» (иное прочтение «синоби») значит «тайный», они не могли действовать явной силой. Сама природа ниндзюцу этого не позволяла. Однако «демоны ночи», как их называли, наводили ужас на самураев и князей. В то же время ниндзя практически никогда не убивали крестьян, так как те могли им всегда помочь. Кроме того, убийство не было основным профилем ниндзя. Их призвание было — шпионаж и диверсии. Личина торговца, циркового акробата, крестьянина — все они помогали скрытно передвигаться по стране, а другие такие же люди создавали массовку, позволяя оставаться скрытыми, оставаясь на виду.
Ниндзя выходят на историческую арену в X в., их расцвет приходится на 1460—1600 гг., эпоху воюющих провинций и объединения Японии; очень широко используются Токугава Иэясу при противостоянии с претендентом на пост военного правителя Тоётоми Хидэёри и его матерью Асаи Ёдогими, которое длилось около 15 лет. В 1603 г. первый сёгун Токугава, вполне логично рассудив, что организация ниндзя может быть использована против него недовольными исходом войны даймё, спровоцировал два крупнейших клана ниндзя, Кока и Ига, на противостояние. В результате к 1604 г. от общества ниндзя остались немногие, которые впоследствии присягнули на верность лично сёгуну. Кроме того, в связи с прекращением феодальных войн и установлением внутреннего мира с сёгунатом Токугава ниндзя пропадают с политической арены за отсутствием спроса.