Начало Войн клонов:
Спустя десять лет после вторжения на Набу, вскоре после возвращения с приграничного конфликта на Ансионе, Кеноби и Скайуокеру поручили охранять сенатора Падме Амидалу, которая недавно пережила попытку покушения на ее жизнь. С помощью уловки, организованной Энакином, выдала себя убийца, наемница по имени Зам Уэселл. Кеноби начал преследовать ее по улицам Корусканта и загнал в клуб «Чужеземец». К сожалению джедаев, во время ареста Уеселл стала жертвой другого охотника, одетого в броню мандалорца. Единственной подсказкой для раскрытия личности наемника в броне был отравленный дротик, которым убили Уэселл — оружие каминоанского дизайна.
Кеноби связался со своим старым другом, Декстером Джеттстером, который рассказал ему о Камино, планете, по странному стечению обстоятельств отсутствующей в Архиве джедаев. По прибытии на Камино Кеноби встретили её представители и сообщили, что большая армия клонов, созданная для Республики по заказу ныне покойного мастера-джедая Сайфо-Диаса, почти готова. Оби-Вана познакомили с человеком, который стал генетическим образцом для создания клонов — наемным убийцей Джанго Феттом. Кеноби связался с Советом, который приказал арестовать Фетта для допроса. Оби-Ван подчинился приказу и предпринял попытку арестовать, что привело к ожесточенной борьбе между ними, в которой Джанго помогал его сын Боба, стреляя из бортовой пушки на судне Фетта. Несмотря на усилия Кеноби, Джанго с сыном бежал на Джеонозис. Кеноби установил маячок на корабль Фетта и последовал за ними.
Джанго заметил истребитель Кеноби и попытался уничтожить его в пространстве метеоритного кольца Джеонозиса. Корабль джедая был поврежден, и Оби-Вану пришлось скрыться за большим астероидом. Фетт решил, что уничтожил преследователя, и совершил посадку на Джеонозисе. Кеноби выждал некоторое время и последовал за ним. Приземлившись на планете, он тайно проник в комплекс джеонозийцев и раскрыл заговор огромного количества звездных систем, решивших выйти из состава Республики. Организатором и руководителем этого движения был граф Дуку. Отправив сообщение о произошедшем Энакину и Совету, Кеноби подвергся нападению дроидов и попал в плен.
Дуку посетил Кеноби в камере заключения. Он пообещал поскорее добиться освобождения Кеноби, арестованного «по ошибке», и попробовал убедить его перейти на сторону Конфедерации Независимых Систем, вспомнив о Квай-Гон Джинне, бывшем ученике Дуку, который несомненно последовал бы за Дуку. К тому же граф вскользь упомянул о том, что ныне ситх управляет Галактическим Сенатом. Дуку предложил присоединиться к нему, чтобы устранить эту угрозу раз и навсегда. Оби-Ван же просто ответил, что Квай-Гон никогда не примкнул бы к сепаратистам и что, если бы ситх действительно управлял Сенатом, джедаи почувствовали это. Дуку покинул Кеноби, размышляя вслух о том, как сложно будет добиться его освобождения.
Битва на Джеонозисе (22 ДБЯ):
Получив сообщение, Энакин и Падме отправились на Джеонозис, намереваясь спасти Кеноби без помощи джедаев с Корусанта, но они также были захвачены. Всех троих пленников отправили на Арену Петранаки и устроили потеху для публики, выпустив на них нексу, рикаи аклая. Однако Оби-Ван, Энакин и Падме сумели победить диких животных. Тогда Дуку вызвал на арену дройдек.
Своевременное прибытие Мейса Винду с отрядом из двухсот джедаев спасло пленников от неминуемой смерти. Но оказалось, что Дуку фактически ожидал их прибытие, и выпустил на них новосозданную разрушительную армию дроидов КНС. Джедаи вступили в неравный бой, дроиды сильно превосходили их численностью, и многие рыцари Ордена погибли. Оставшихся в живых спас от верной смерти прибывший мастер Йода, который привел с собой армию клонов, созданных на Камино. Так началась первая битва на Джеонозисе, которая в свою очередь стала началом Войн Клонов.
Кеноби, Энакин и Падме на LAAT/i приняли участие в битве. Вскоре они заметили графа Дуку, покинувшего битву на спидере, и Кеноби приказал пилоту LAAT/i преследовать его. Из-за взрыва летевшего рядом истребителя Падме выпала из корабля. Энакин бросился спасать любимую, но Оби-Ван не пустил своего падавана, сказав, что она сама может о себе позаботится, а он нужен ему в битве против Дуку.
В сражении с ситхом оба джедая потерпели поражение. Энакин, увидев Дуку, сразу же кинулся в атаку, но в ответ получил поток молний Силы и на время выбыл из боя. Кеноби сохранял спокойствие и сумел нейтрализовать очередную молнию Дарта Тирануса с помощью светового меча. Но сражение на мечах длилось недолго, опытный фехтовальщик Дуку пробил защиту Кеноби и порезал ему ногу и плечо. Когда Тиранус уже собирался убить Оби-Вана, Энакин пришел в себя и парировал его смертельный удар.
Раненый и беспомощный Кеноби притянул Силой свой меч и бросил его Энакину. Сначала Скайуокер успешно атаковал Дуку двумя мечами, но, так как Джар'Кай не был основным стилем боя Энакина, Дуку удалось уничтожить один из мечей. И Скайуокеру пришлось использовать Шиен. Энакин и Дуку продемонстрировали высочайшее мастерство боя на мечах. Несмотря на старания Энакина, опыт и слаженные движения Дуку одержали победу над молодостью и грубой силой, и затем Кеноби увидел, как ситх отрубил руку его падавану. В этот критический момент, как раз вовремя, явился Йода, который не дал возможность Дуку добить Кеноби и Скайуокера. В сражении с Тиранусом Йода был на грани победы, но Дуку Силой сломал основание массивной колонны, которая начала падать на Оби-Вана и Энакина, тем самым выигрывая время, чтобы скрыться. Йода не дал упасть колонне и отбросил её в сторону.
ПРОДОЛЖЕНИЕ СЛЕДУЕТ…