В 2011 году Мбаппе был зачислен в футбольную академию Клерфонтен. Нападающий тренировался там до 2013-го. После окончания обучения в Клерфонтен Мбаппе попал в сферу интересов «Бордо», «Кана», «Реала», «Челси» и ряда других клубов.
Родители остерегались, что в случае перехода в статусную топ-команду Килиан будет получать мало игрового времени, поэтому их выбор пал на молодежку «Монако». Монегаски только вернулись в высший дивизион (лига 1).
В академии «Монако» тренеры были недовольны игрой Мбаппе в обороне. Они считали, что форвард мало отрабатывал в защите.
В 2014 году Мбаппе был впервые вызван в юношескую сборную Франции U-17. В 2015-м Килиан дебютировал за резервную команду «Монако», где забил свой первый гол в ноябре того года.