В конце 19 века, хотя и были другие порты для въезда в США, в таких городах, как Бостон, Филадельфия, Балтимор, Сан-Франциско и Новый Орлеан, всё же большинство иммигрантов въезжали в Соединенные Штаты через гавань Нью-Йорка. Именно с острова Эллис, на расстоянии чуть больше 1 мили от Манхеттена, начиналась их новая жизнь в Америке.
Иммиграционной служба США на острове Эллис начала принимать прибывающих 1 января 1892 года. Первым иммигрантом, прошедшим через центр, была 15-летняя ирландка Энни Мур.
Пассажиры первого и второго классов, проходили символическую, медицинскую и юридическую, проверку на корабле, до прибытия на большую землю. А пассажиры третьего класса, были вынуждены проходить полный миграционный контроль. После прибытия в гавань Нью-Йорка, пассажиры третьего класса пересаживались на паром и отправлялись на остров Эллис, в федеральный иммиграционный центр, для дальнейших проверок. Если документы иммигранта были в порядке, и он был относительно здоров, процесс проверки на острове Эллис длился от 3 до 5 часов. Осмотры проводились в регистратуре (Большой зал), где врачи кратко сканировали каждого человека. Врачи проверяли проезжающих через остров Эллис на наличие более 60 заболеваний, которые могли лишить их права на въезд в Соединенные Штаты. Тех, кто подозревался в наличии болезни, помечали мелом и задерживали для более тщательной проверки.
На острове был построен большой комплекс, включающий кроме всего прочего еще и больницу, столовую, прачечную.
Многие знаменитости начинали свой путь в США через остров Эллис, такие как Карл Юнг, Зигмунд Фрейд, Чарльз Чаплин, и многие другие.
После принятия “Закона об иммиграции 1924 г.”, который разрешил оформление и прохождения контроля за границей, в посольствах США по всему миру, остров Эллис стал служить, в основном, центром временного содержания под стражей.
К моменту закрытия, иммиграционный центр пропустил через себя около 12 миллионов человек. Пик иммиграции через остров Эллис пришелся на первое десятилетие 20 века. В период с 1905 по 1914 год в Соединенные Штаты прибывало в среднем один миллион иммигрантов в год. Сотрудники иммиграционной службы проверяли до 5000 иммигрантов в день.
Последним, норвежский моряк торгового флота по имени Арне Петерссен, в ноябре 1954 иммиграционный центр на острове Эллис был официально закрыт правительством США.
Сегодня, на острове Эллис работает Музею иммиграции, который был открыт для посещения в 1976 году. Посетители могут совершить экскурсию по музею в отреставрированном Главном зале прибытия, посетить камеру хранения багажа и отреставрированные общежития и проследить своих предков по миллионам записей о прибытии иммигрантов, опубликованных в 2001 году.
C 2017 года остров Эллис является кандидатом на занесение в список всемирного наследия ЮНЕСКО.