Здесь отцу Гермогену пришлось столкнуться с дерзким, лукавым и лживым Джугашвили, тогда студентом Тифлисской Духовной семинарии, а в будущем разорителем России и беспощадным гонителем Церкви. Он поступил в семинарию в 1894 году, когда в ней инспектором был иеромонах Гермоген. Отпросившись на воскресенье из семинарии под предлогом похорон своего товарища, Джугашвили не вернулся в срок и, оправдывая уклонение от занятий и прогулы, написал, что возникли будто бы обстоятельства, «связывающие руки самому сильному в каком бы отношении ни было человеку: так много потерпевшая от холодной судьбы мать умершего со слезами умоляет меня “быть ее сыном, хоть на неделю”. Никак не могу устоять при виде плачущей матери и – надеюсь, простите – решился тут остаться, тем более что в среду отпускаете желающих».
Отец Гермоген не стал тогда расследовать обстоятельств за невозможностью уличить дерзкого семинариста во лжи; только много позже, когда он был уже ректором семинарии, весной 1899 года он отчислил Джугашвили из семинарии как не явившегося на экзамены
