К 1892 году Владимир Хавкин создал первую эффективную вакцину против холеры, доказав на самом себе её безопасность для человека.
Поскольку до тех пор медицина была бессильна против этой болезни, британское правительство разрешило Хавкину испробовать его вакцину в Индии, где в это время свирепствовала эпидемия холеры, уносившая сотни тысяч человеческих жизней. В начале 1893 года Хавкин отправился в Индию в качестве государственного бактериолога и немногим более чем за два года, наладив производство вакцины, лично участвовал в вакцинации свыше 42 000 человек. В результате, среди прошедших вакцинацию заболеваемость холерой и смертность от неё сократились в десятки раз. Прививки вакцины Хавкина стали после этого массовыми и применяются в улучшенном виде до сихпор. Таким же решающим был вклад Хавкина в борьбу с чумой, эпидемия которой поразила в 1896 году второй по величине город Индии Бомбей и его окрестности. Прибыв туда по просьбе властей, Хавкин в кратчайшие сроки создал первую эффективную противочумную вакцину, снова доказал её безопасность вначале на себе, а затем в течение нескольких лет непосредственно участвовал в вакцинации населения. Созданная Хавкиным в Бомбее небольшая противочумная лаборатория стала впоследствии крупнейшим в Южной и Юго-Восточной Азии исследовательским центром по бактериологии и эпидемиологии и с 1925 года носит название "Институт Хавкина".
В 1897 году королева Виктория наградила Хавкина одним из высших орденов Британской империи, Орденом Индийской империи («Выдающийся орден Индийской империи», англ. «The Most Eminent Order of the Indian Empire»). В честь него в Лондоне был дан приём, на котором присутствовали крупнейшие английские медики.