Начать стоит с того, что проблема происхождения вирусов до сих пор не решена. На эволюционном дереве они не занимают какого-либо места, – и вероятно не займут, ввиду того, что согласно последним веяниям «вирусы» не таксон, а экологическая группа общим происхождением не связанная. Но именно это и делает вопрос, о каком именно происхождении идёт речь, актуальным и очень интересным.
Традиционные, – и до сих пор представляющиеся наиболее обоснованными, – воззрения на вопрос предполагают, что вирусы возникли в результате упрощения внутриклеточных паразитов. В пользу версии до ныне свидетельствует существование бактерий, селящихся внутри других клеток и действительно имеющих упрощённое строение. Ранее часто приводился и другой, казавшийся очевидным, довод: вирус, представляющий собой просто молекулу самореплицирующейся нуклеиновой кислоты плюс белковую упаковку и, одновременно, средство доставки (капсид), не может размножаться вне клетки, следовательно, он возник позже клетки. Появление синтетической РНК способной размножаться только вне клетки, однако, последний довод уничтожило.
Вопросы, тем не менее, остаются и к первому, вроде бы, беспроигрышному тезису. Упрощение связанное с внутренним паразитизмом или симбиозом, действительно, происходит. Но какие-либо переходные формы между паразитирующими внутри клеток бактериями и вирусами отсутствуют. Главное же, ни у одного из вирусов не обнаружено признаков избыточной сложности в генетическом коде. Если существо некогда обладало органоидами и мембраной, всё это может быть утрачено, но код, некогда позволявший нужное производить, частично, как минимум, сохранится… И это не теоретизирование, а факт. То что некоторые органоиды эукариотов прежде были бактериями, слившимися с археей в результате симбиоза, установлено именно благодаря избыточной сложности.
Дополнительные сомнения вызывает факт способности некоторых вирусов создавать (внутри клетки) особые – вирусные – белки, какими-либо клеточными организмами не производящиеся. Но лишь дополнительные. Главная проблема гипотезы паразитического упрощения в отсутствии следов более сложного устройства вируса в прошлом.
И это – не считая вышеупомянутого отсутствия родства между самими вирусами. На это также следует обратить внимание. Происхождение от клеточных организмов, – от бактерий, архей или эукариотов, – уже было бы «родством». Гигантский же вирус, содержащий РНК и ДНК в сложном – с массой непонятных устройств – капсиде, куда дальше от РНК-вируса, чем какие-либо клеточные организмы друг от друга. Причём, к группе РНК вирусов относятся очень разнообразные организмы с одноцепочечной, двухцепочечной (свёрнутой в кольцо в два оборота) РНК, кольцевой ДНК, одноцепочечной ДНК, даже с «полуторной ДНК». Все они не могли произойти от клеточных организмов, имеющих уже нормальную ДНК.
...То есть, РНК-вирусы и тем паче вироиды (паразитические молекулы РНК не образующие капсид) никогда не были организмами. Как минимум, организмами в современном понимании, – их преемственность с протобионтами РНК-мира остаётся вопросом дискуссионным. Но ДНК-вирусы и гигантские вирусы – могли быть?
К ДНК-вирусам в первую очередь и относятся возражения приведённые выше. Их ДНК имеет с ДНК клеточных организмов лишь то общее, что также является молекулой дезоксирибонуклеиновой кислоты. А так едва ли могло бы быть, если б в прошлом вирусная ДНК хранила код бактерии или археи. Он – хоть бы и в форме руин, – обязательно был бы узнан.
Или не обязательно?
Лазейка есть. Если бы в прошлом вирусы (речь о ДНК и гигантских вирусах) принадлежали к известным доменам клеточных существ – бактериям, археям, эукариотам – следы этого не ускользнули бы от внимания биологов. Ибо есть материал для сравнения. Но если вирусы – перешедшие к паразитизму представители древнего – ныне, не считая их, полностью вымершего домена одноклеточных? Тогда «избыточная сложность» может оставаться не узнанной.
В пользу происхождения вирусов от отдельного домена говорят специфические вирусные белки, а также хитрое строение капсида гигантских вирусов, некоторые элементы которого могут быть абсолютно чем угодно, но в том числе и рудиментами органоидов. Однако, не тех органоидов, которыми обладают известные домены.
Могли ли кроме бактерий и архей четыре миллиарда лет назад на Земле появиться ещё какие-то одноклеточные? Это вопрос… скорее следует трактовать, как риторический. Практической проверке (ввиду невозможности изучения строения микроорганизмов по окаменелостям) гипотеза не поддаётся. Теория же что-то сказать по данному поводу сможет ещё не скоро.
