Ещё лет тридцать назад никаких проблем с систематикой амниот не было. Амниоты достаточно чётко и практически безусловно делились на три класса: Рептилии (Пресмыкающиеся), Птицы и Млекопитающие. И с происхождением никаких вопросов не было: Рептилии (вымершие, конечно) - предковая группа, а Птицы с Млекопитающими - две эволюционные линии, идущие от рептилий.
Но с накоплением научных знаний проблемы появились. А с ними появились вопросы, на которые не находилось ответа. Например, почему вымершие предки млекопитающих относятся к другому классу, что противоречит принципам кладистики? Почему к разным классам относятся птицы и крокодилы, которые являются весьма близкими родственниками? Почему в классе Рептилии объединяются множество видов с весьма отдалёнными родственными связями?
В общем, стройная система из трёх "амниотных" классов затрещала по швам. Так почему бы эту систему (систематику) не изменить?
Например, так...
Разделить всех амниот на два надкласса: Завроморфы и Тераморфы (предложено ещё в нулевые палеонтологом и писателем-фантастом Кириллом Еськовым). Это будет логичным, так как предковые линии их разделились ещё на амфибийном этапе. К завроморфам отнесём современных птиц и рептилий, а также огромное количество схожих с ними вымерших форм, кроме синапсидных. Синапсидные "звероящеры" карбона, перми, триаса, а также их более продвинутые родственники и потомки, включая млекопитающих, "отойдут" к тераморфам.
А уже в рамках надклассов можно провести более точную градацию по классам, исходя из родственных и прочих связей. Так, завроморфов можно разделить на анапсид, архелозавров и лепидозавров. Тераморфов - на пеликозавров (знаю, что устаревший и парафилетический таксон, но всё-таки...), немаммальных и маммальных терапсид.
Проблем у такой систематики тоже немало, особенно с тераморфами. Уж слишком много может получиться классов и подклассов, если учитывать все вымершие формы! Но вот только с ныне живущими получается всё весьма элегантно и стройно!
Надкласс Завроморфы. Класс Архелозавры из двух подклассов (Черепахи и Архозавры). Последних можно поделить на два инфракласса (Крокодилы и Птицы). Класс Лепидозавры (чешуйчатые и гаттерии).
Надкласс Тераморфы. Класс Цинодонты (яйцекладущие млекопитающие). Класс Звери.