Кузов
Лакокрасочное покрытие не отличается высокой износостойкостью, сколы на капоте и на кромке крыши над стеклом лучше оперативно подкрашивать. Рама с возрастом подвержена коррозии, что особо критично для участка в арке правого переднего колеса, где выбит номер. У возрастных экземпляров возможна коррозия в местах сварки и возле отверстий, ведущих в скрытые полости. Хром теряет заводской вид за 5–6 лет, а на дверных рамках могут появиться очаги коррозии всего спустя 6–7 лет. При наличии запасного колеса на задней двери петли со временем изнашиваются, и дверь провисает.
Салон
Отделка салона кожей либо велюром. Кожаная оплётка руля приобретает потёртости к 150 тыс. км, боковина водительского сиденья изнашивается к 200 тыс. км. Есть риск появления трещин на передней панели, особенно если машина часто находилась под открытым солнцем.
Двигатели
Бензиновые
1GR-FE. Бензиновый атмосферный шестицилиндровый двигатель с алюминиевым блоком и чугунными гильзами. Объём 4,0 литра. Самый мощный мотор (249 л.с.), при должном обслуживании его ресурс составляет более 400 тыс. км. Нужно следить за чистотой системы охлаждения. Каждые 70 тыс. км следует чистить дроссельную заслонку, а своевременная замена масла убережёт цилиндры от задиров. У экземпляров старше 2004 года была слабая прокладка ГБЦ, позже недочёт устранили.
3RZ-FE. Бензиновый атмосферный четырёхцилиндровый двигатель с чугунным блоком цилиндров. Объём 2,7 литра, мощность 150 л.с. Мотор без проблем выдерживает пробег 400 тыс. км и более. Зазоры клапанов регулируются вручную, но делать это нужно только раз в 200 тыс. км. Форсунки, при периодической промывке, требуют замены к пробегу 300 тыс. км. Цепь ГРМ изнашивается через 250 тыс. км.
2TR-FE. Бензиновый атмосферный четырёхцилиндровый двигатель объёмом 2,7 литра с чугунным блоком цилиндров и системой изменения фаз газораспределения VVTi на впускном распредвале. Мощность — 163 л.с. Ресурс мотора может превышать 400 тыс. км. Стоит следить за помпой системы охлаждения, дающей течь на пробеге около 200 тыс. км, на том же пробеге забивается фильтр топливного насоса. Пластиковые патрубки радиатора могут прохудиться на пробеге 150–170 тыс. км, рекомендуется заменить их на стальные от рестайлинговой модели. Масло может уходить через сальник коленвала, что решается заменой уплотнения на модернизированное.
Дизельные
1KD-FTV. Дизель объёмом 3,0 литра имеет чугунный блок цилиндров, алюминиевую ГБЦ, два распредвала. В зависимости от версии развивает 163–173 л.с. Мотор ремонтопригоден. Гидрокомпенсаторов у клапанов нет, производитель рекомендует делать регулировку клапанного механизма каждые 40 тыс. км. Приводом системы ГРМ служит ремень, его меняют каждые 150 тыс. км. Общий срок службы мотора часто превышает 400 тыс. км, ресурс ТНВД, форсунок и турбины в среднем составляет 200 тыс. км. Но в сервоприводе механизма регулировки турбины через 120–150 тыс. км могут износиться шестерни. Главная проблема с этим мотором возникла в 2007 году, после модернизации под требования Евро-4, — стали трескаться поршни, что сопровождается потерей тяги, стуком и чёрным дымом.
Трансмиссии
АКПП
В зависимости от двигателя и года выпуска на Prado устанавливались несколько «автоматов». Автоматические коробки передач Aisin А340F/343F с 4 ступенями обладают высоким запасом прочности, требуется лишь замена масла и масляного фильтра раз в 40 тыс. км.
Автомат Aisin А750F (5-ступенчатый) имеет внушительный ресурс без каких-либо явных слабых мест. Однако при частом использовании машины на бездорожье может сгореть блокировка гидротрансформатора.
МКПП
Механические коробки передач R150F (5‑ступенчатая) и 161F (6‑ступенчатая) не имеют слабых мест. Только сцепление при активной езде по бездорожью может потребовать замены через 100–150 тыс. км.
Приводы
Привод колёс полный, постоянный, с понижающей передачей. Карданные валы требуют периодического шприцевания. Цепь в раздаточной коробке служит больше 300 тыс. км. Может износиться актуатор блокировки межосевого дифференциала.
Подвеска
Передняя. Независимая пружинная подвеска надёжна и имеет высокую энергоёмкость. Есть варианты с обычными либо регулируемыми амортизаторами TEMS, оба служат 200 тыс. км. Ресурс сайлентблоков рычагов передней подвески около 140 тыс. км, ресурс стабилизатора 200 тыс. км, подшипники передних ступиц требуют замены каждые 120 тыс. км.
Задняя. В задней зависимой подвеске вместо пружин устанавливались пневмобаллоны, ресурс которых составляет 200 тыс. км. А вот неудачно расположенная клапанная система ресивера страдает от слякоти и реагентов. Сайлентблоки рычагов задней подвески и стабилизатор способны выдержать пробег 150 тыс. км, ресурс шаровых опор — 150 тыс. км, подшипники задних ступиц требуют замены через 300 тыс. км.
Рулевое управление
Усилитель руля гидравлический, его единственное слабое место — вакуумный датчик. Через 150 тыс. км может появиться люфт в нижнем карданчике рулевого вала.
Тормоза
Тормоза на обеих осях дисковые, вентилируемые. Во избежание закисания поршней в тормозных цилиндрах следует ежегодно менять тормозную жидкость. Также склонны к закисанию пальцы тормозных суппортов.
Климатическая система
Моторчик печки изнашивается к 120 тыс. км, проблему временно можно устранить смазкой. А трубки кондиционера, неудачно расположенные на раме, со временем отгнивают.
Электроника
Из незначительных проблем с электрикой — сбои в работе механизмов складывания зеркал и стеклоподъёмников. От влаги может отказать камера заднего вида.